Ответ на Ваш вопрос содержится в письмах УФНС РФ по г. Москве от 03.06.2010 № 20-14/4/058716 и от 30.12.10 № 20-14/4/138233. А именно: В соответствии с положениями ст. 31 Закона г. Москвы от 14.06.2006 N 29 "Об обеспечении права жителей города Москвы на жилые помещения" жители г. Москвы, признанные нуждающимися в улучшении жилищных условий или нуждающимися в содействии г. Москвы в приобретении жилых помещений в рамках городских жилищных программ, имеют право на предоставление субсидии в соответствии с федеральным законодательством и законодательством г. Москвы. Документом, подтверждающим предоставление субсидии для приобретения жилых помещений в соответствии с законодательством г. Москвы, является свидетельство, подтверждающее, что на индивидуальный блокированный целевой счет гражданина в установленный срок будет зачислена полагающаяся субсидия для перечисления ее по распоряжению владельца счета в оплату договора на приобретение объекта недвижимости. Формой государственной финансовой поддержки обеспечения граждан жильем за счет средств федерального бюджета (в рамках реализации подпрограммы "Выполнение государственных обязательств по обеспечению жильем категорий граждан, установленных федеральным законодательством" федеральной целевой Программы "Жилище" на 2002 - 2010 годы, утвержденной Постановлением Правительства РФ от 17.09.2001 N 675) является социальная выплата на приобретение жилья, право на получение которой удостоверяется государственным жилищным сертификатом.

Социальная выплата предоставляется владельцу сертификата в безналичной форме путем зачисления средств федерального бюджета на его банковский счет, открытый в банке. В договоре банковского счета оговариваются основные условия обслуживания банковского счета, порядок взаимоотношений банка и владельца сертификата, на имя которого открыт банковский счет (распорядителя счета). Распорядитель счета дает банку распоряжение на перечисление средств со своего банковского счета в счет оплаты договора на приобретение объекта недвижимости. Таким образом, денежные средства, направленные банком по распоряжению владельца свидетельства, подтверждающего предоставление субсидии для приобретения жилых помещений, или владельца жилищного сертификата в счет оплаты договора на приобретение жилья, учитываются в составе фактически произведенных налогоплательщиком расходов, которые связаны с получением доходов от продажи квартиры, ранее приобретенной за счет субсидии. А поскольку, на основании пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса РФ при определении размера налоговой базы налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов - налогом будет облагаться только сумма в договоре, превышающая 6 млн. руб., а если Вы продаете за 5,8 млн. руб - обязанности по уплате налога не возникнет.