Даже спорить не буду! Делайте.
Любое доп. соглашение к ДКП , подписанное сторонами, подлежит государственной регистрации.

"С 1 марта 2013 г. требование об обязательной регистрации ДКП недвижимости отменено. Теперь регистрируется не договор, а факт перехода права собственности от одного человека к другому. Ни сам договор, ни какое бы то не было соглашения к нему государственной регистрации не подлежат".

Речь идет про соглашение не между продавцом и покупателем, а между собственниками.

"Речь идет про соглашение не между продавцом и покупателем, а между собственниками." - нет, для налоговой это не аргумент, так это не работает. Вы можете спорить на форуме, но налог есть и будет! Оптимизировать налог можно только за счет расходов родителей на приобретение кв.
"Если указанная жилплощадь находится в собственности, в том числе несовершеннолетних детей, менее трех или пяти лет, то доход, возникающий от ее реализации, подлежит обложению НДФЛ. По общему правилу, налогоплательщик может уменьшить такой доход на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением недвижимости.

С этого года если недвижимость приобретается с помощью материнского капитала с выделением долей детям, то расходы на ее приобретение распределяются на всех собственников в соответствующих долях. В случае продажи жилплощади они учитываются при расчете налоговой базы по НДФЛ пропорционально. При этом важно, чтобы расходы были понесены одним из родителей: владельцем сертификата или его супругом (супругой)."

А как же письмо ФНС России от 13 июня 2012 г. №ЕД-4-3/9664@ ?

Никак.
"Налогоплательщик обнаружил в представленной ранее форме 3-НДФЛ ошибки, которые не приводили к занижению суммы налога, то он может внести в декларацию необходимые изменения и представить уточненную декларацию в налоговый орган. Налогоплательщики-родители, которые являются законными представителями своих детей, вправе представить уточненные декларации от их имени, откорректировав налоговую базу с учетом указанных нововведений."

ФНС пишет:
"Доход от продажи квартиры, находящейся в общей долевой собственности, не обязательно распределяется между физлицами-владельцами в соответствии с размерами их долей в праве собственности. Общий доход можно разделить в любой пропорции по соглашению сторон и заплатить налог на доходы физических лиц в соответствии с причитающейся частью дохода.
В статье 246 ГК РФ сказано, что распоряжение имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляется по соглашению всех его участников. При этом граждане свободны в установлении своих прав и обязанностей на основе договора и в определении любых не противоречащих законодательству условий договора (ст. 1 и ст. 421 ГК РФ).
Физические лица вправе определить любой порядок распределения между ними доходов от продажи квартиры, находящейся в их общей долевой собственности, независимо от размера их долей в праве собственности и учитывать соответствующие суммы дохода при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц.
Порядок распределения доходов можно определить договоре купли-продажи квартиры. Но если этого сделано не было, то порядок распределения дохода можно прописать и в дополнительном соглашении о распределении дохода."

Я ничего больше не могу добавить у тому, что написали Татьяна, Даниил и я сам. Обратитесь к нотариусу, который удостоверял Вашу сделку. Если у Вас всё получится, то я буду рад, что ошибся в своих суждениях.

Налоговая говорит, что налог должна уплатить супруга, т.к. право собственности у нее возникло только в 2019 г. На какую норму закона нужно сослаться, что убедить их в неправоте ?

Вопросы минимизации налогооблоожения можно решать зная, в течение какого срока и на каких основаниях продавцы владели проданной квартирой. Используя налоговые вычеты (стандартный или в размере понесённых и документально подтверждённых расходов, в том числе по уплате процентов по ипотеке), а также вычета с покупки, можно значительно снизить или вести к нулю подлежащую к уплате сумму налогов. Обратитесь за разъяснениями в налоговую консультацию по месту Вашего нахождения.

Письма минфина в большинстве своем носят разъяснительный характер выражающие мнение по конкретной ситуации конкретного специалиста. Для нотариуса это не аргумент.