Знать бы еще как должен выглядеть этот документ )

Евгения, в Вашем случае должна прослеживаться по документам цепочка: соглашение и исполнение его условий. Наличные расчеты между юр. лицами не должны быть. Поэтому: или перечисление денег на счет и тогда выписка со счета + документ о полном расчете за квартиру, подписанный надлежащим лицом (см. устав продавца) и обязательно главбухом, с печатью учереждения,
или допсоглашение об ином способе расчетов путем произведения работ или поставки товара + акт взаимозачетов, оформленный так же, как указано выше.
Но я полагаю, что допсоглашение к договору купли-продажи об изменении способа расчетов должно пройти регистрацию в Росреестре, как и ДКП межу ними. Иначе это будет "Филькина грамота".
С юрлицами есть еще масса нюансов, которые могут отрицательно отразиться на судьбе Вашей собственности. Сейчас вот как раз прошел суд, где из-за незначительной разницы между продажной и рыночной ценой квартиры, проданной юр.лицом, покупатель физ. лицо потерял квартиру. Оформляйте только по рыночной цене.
Всему здесь не научишь. Вам НЕОБХОДИМО сопровождение сделки опытным специалистом. Я бы в этом случае посоветовала даже не риэлтора и не юриста, а аудитора. Подумайте сто раз.

Ирина, я вот все так примерно себе и представляю. Но юрист с их стороны почему-то крайне удивлена моим просьбам предоставить эти документы. Якобы свидетельство без обременения и дает нам гарантии. Максимум предлагают какую-то справку за подписью ген.директора, что расчеты по договоры выполнены полностью. Пока ее не видела. Завтра надеюсь пришлют. А думаем мы уже довольно долго, только альтернативных вариантов пока нет.

Да, Ирина, спасибо!! мы тоже так решили

то есть получается, что получив документы подтверждающие расчет мы не обеспечиваем себе отсутствие исков, а лишь получаем статус добросовестного покупателя на случай суда?
Акт сверки не хотят предоставлять. Но надеюсь, что передумают.

Дадут платежку о переводе черезбанк,то тогда риска оспаривания нет,потому как договор исполнен.А вот если акт сверки,то тогда да...

Обременений в свидетельстве нет. Дополнительно заказывали выписку из ЕГРП, там тоже все чисто. Продавцы и уверяют, что нам этого должно быть достаточно. Но на сколько я понимаю, можно и с неоплатой получить чистое свидетельство.

"И не будет ли у нас проблем с тем, что после перехода право собственности на нас предыдущий владелец подаст иск о неуплате и на квартиру наложат арест". - Бумага, в которой предыдущий владелец пишет, что оплата произведена, - является достаточной.
Статья 302. Истребование имущества от добросовестного приобретателя
1. Если имущество возмездно приобретено у лица, которое не имело права его отчуждать, о чем приобретатель не знал и не мог знать (добросовестный приобретатель), то собственник вправе истребовать это имущество от приобретателя в случае, когда имущество утеряно собственником или лицом, которому имущество было передано собственником во владение, либо похищено у того или другого, либо выбыло из их владения иным путем помимо их воли.