А возможное влияние кадастровой стоимости продаваемой квартиры учли при расчете НДФЛ? Если 0,7 кадастровой стоимости квартиры больше, чем стоимость по договору купли-продажи, доходы приравниваются к 0,7К и расчет ведется от этой величины (отнимаются расходы). А в целом вы на правильном пути. Только декларацию нужно заполнить грамотно, отразив в ней и расходы на приобретение и вычет при покупке.

Если в обеих квартирах собственником был один и тот же человек, то да, можно воспользоваться налоговым вычетом и произвести взаимозачет налога и вычета. Одновременно с подачей налоговой декларации нужно заявить свое право на получение налогового вычета, в той же самой декларации.

Можно.
А как Вы пришли к выводу, что с проданной квартиры будет НДФЛ равный 400 000 рублей?