А зачем?

Правильно Вам говорят Галина и Елена! В Питере все коммуналки в обычной долевой собственности, как и любая отдельная квартира, если в ней несколько собственников.
В росреестре не видно, что она коммунальная. Видно только в пасп. столе ЖЭКа и бухгалтерии. Они сейчас, если Вы попросите ф-9, выдадут ее Вам только на одну комнату, а отцу отдельно на другую.
Вам нужно пойти в паспортный стол с отцом и со всеми документами, подтверждающими, что в другой комнате родной отец (паспорта, св-ва о рождении Ваше и детей, если меняли фамилию, то свидетельство о браке).
Попросить их объединить лицевой счет и сделать так, чтобы форма 9 была одна на ВСЮ квартиру и в ней были указаны все прописанные с пометкой, кто кому кем приходится. Этого должно хватить.
Если вдруг этого будет мало, то придется всей толпой идти к нотариусу и делать соглашение о том, что все собственники имеют право пользования всей квартирой, потому что сейчас у Вас получилось по документам, что Вы с детьми имеете право пользования одной комнатой, а отец другой комнатой.

Анна, "Так вся квартира должна принадлежать вам и детям. Без папы и дедушки" - это не так. Они члены одной семьи, квартира утрачивает статус коммунальной, на каждого прописанного получается более 10 метров - такой вариант устраивает Жилищный Комитет даже при том, что доля принадлежит папе(он же дедушка).

Анна Орлова, в МДЖ можно выкупать последнюю комнату в своей коммуналке, по метражу в данном случае необходимо чтобы после выкупа общая площадь квартиры укладывалась в формулу Sощб/количество прописанных= Х >10 метров

Это статус коммунальной вы утратили и так - читаем ст 31 ЖК РФ - вы с отцом члены одной семьи, а коммунальная квартира - это не только когда принадлежит на основании разных сделок, но и когда не являетесь членами одной семьи.

В жилконторе переведите все на один лицевой счет. Квартира сразу станет отдельной

Добрый день. Боюсь,только в случае,если Ваш отец наделит (подарит,например) Вам троим свою комнату в аналогичных долях.