Алевтина Максимовна, здравствуйте! В БТИ регистрировали переход права до 1998 года, потом создали Федеральную Службу Государственной Регистрации, где стали регистрировать переход права на имущество. Если не относили на регистрацию договор передачи, значит ваш сын собственником не является. Для исключения сомнений закажите выписку из ЕГРП, там будет видно кто явл-ся собственником комнаты. После получения квартиры по сертификату, он может вновь заняться приватизацией и довести дело до конца.

Если я правильно понимаю,ваш сын получил денежный сертификат для покупки жилья?Перед тем как его получить он предостовлял пакет документов, в котором была выписка из ЕГРН на собственность, на его имя.И судя по всему оформленная собственность отсутствует.Если это так то пусть использует сертификат ,а после чтоб не шутить с законом можно решить вопрос с комнатой.
Если я ошибаюсь и сыном был получен ордер на квартиру от Минобороны, и он получил жилье, то для приватизации жилья можно использовать разные способы.Но это отдельная тема.

Выписка по данной комнате прольет свет на всю ситуацию, заказывайте и смотрите кто собственник.

Пока право не оформлено - он не собственник. МО в качестве проверки просит предоставить выписки из ЕГРН о наличии жилья . В этой выписке может быть только зарегистрированное жилье. В справке о прописке фраза о собственности появляется тоже после регистрации. Так что вероятность выявления такого жилья близка к нулю. А вот с приватизацией полученной квартиры у него возникнут проблемы. Ведь предоставить справку о неучастии в приватизации он не сможет. Сложно Вам что-то конкретное посоветовать не зная что у вас за ситуация с данной комнатой, кто там сейчас живет и о каком внуке идет речь.Вам лучше позвонить любому из нас и более детально проконсультироваться.