Если договор не нотариальный и он еще не исполнен, например, из него следует, что деньги еще не переданы, то дополнительное соглашение к нему можно сделать в простой письменной форме даже после регистрации, но до полного исполнения договора. Расписку написать надо будет продавцу тоже с раздельной ценой.
Вы бы лучше написали, зачем это продавцу надо? Ситуация связана с налогом? В чем она заключается? Может, и так все нормально, а продавец просто неправильно информирован в отношении налогов.

Тогда оставляйте все, как есть, больше ничего не придумать. Ну разве что продавец взамен будет покупать другое жилое помещение и за счет права на возврат ндфл от покупки погасит налог на продажу.

Спасибо, но нет, нам с 2 млн. возврат ндфл нужен. Да и мало ли что завтра... договор по факту составлен, факт и получим

Ну так что тогда там делить??? Право и на землю, и на дом у нее с 2015 года - это однозначно. Разделив цену, она абсолютно ничего не выигрывает, у нее есть право на вычет в 1миллион, этот вычет дается один одному человеку на весь год на все продажи недвижимости. У нее продано два объекта, хоть дели, хоть не дели, а доход от их продажи будет 2млна и уменьшить его в целях налогообложения она может только на один млн. Надо было в договоре занижать общую сумму до миллиона, тогда бы у нее налога не было.
У Вас другого выхода из положения нет, кроме как вместе с продавцом вынимать документы из регистрации, делать расторжение первого договора и заключать новый по другой цене.

Ирина Владимировна, сумма в договоре 2 млн.
Участок был выделен в бессрочное пользование в 1960 г (как-то так). В обоих свидетельствах (и на землю и на дом) документ-основание местное постановление «О передаче земельного участка в собственность» от 2015 г. С содержанием сего документа незнакома.
Проблемы конечно не мои, жалко бабушку, ну какой налог в 89 лет... сама построила и всю жизнь прожила в этом доме, оформляла договора с ресурсными организациями, платила жкх, кажется даже налоги какие-то

Светлана, чушь какая-то... В 1960 году права собственности на землю не было. Так что надо смотреть свидетельство на землю и дату внесения записи о праве собственности на участок в ЕГРП - может, там и земля менее трех лет. А по дому, небось, решение суда и тоже надо его смотреть, там может быть в самом решении есть зацепка по срокам собственности на дом.
Не знаю, будет ли ваша самодельное допсоглашение для налоговой аргументом, но оно ведь не Вам нужно, а продавцу - ему надо будет декларацию подавать по месту прописки, а не по месту нахождения дома.
Сумма-то какая стоит в договоре?

Спасибо Ирина Владимировна!
Договор исполнен, оплата произведена полностью, о чём сделана запись.
Продавец вообще не сможет больше приехать (89 лет), только мы теперь к нему. Подумала, вдруг можно самим написать доп.соглашение, поставить подписи и для налоговой это будет офиц. документом.
Для чего нужно деление:
У продавца вроде бы владение землей более 5 лет (с 1960 г.), а дом признан самостроем и оформлен лишь в 2015 году (то есть менее 5 лет). На землю ндфл не должно быть, а на дом (если укажем стоимость 1 млн) действует вычет.
Можно обойти иным путем возникшую "налоговую проблему"?