Что касается выдела доли в натуре, то насчет этого есть Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 24 августа 1993 г. N8 (с изм. и доп.) п.12:" Выдел участнику общей собственности на приватизированное жилое помещение, представляющее собой отдельную квартиру, принадлежащей ему доли допустим, если имеется техническая возможность передачи истцу изолированной части не только жилых, но и подсобных помещений (кухни, коридора, санузла и др.), оборудования отдельного входа. При отсутствии такой возможности суд вправе по просьбе истца определить порядок пользования квартирой".
Скорее всего в Вашем случае, как правильно написала Виктория, Вам нужно определить порядок пользования.
Регистрация будет в квартире. Регистрировать данный договор не надо.

Не делят сейчас квартиры на комнаты, а делают договор определения порядком пользования помещением составляется нотариально. это больше фикция

Составить соглашение о порядке пользования, можно в судебном порядке или у нотариуса.

Выделить доли в натуре - не получится никак, можно только определить порядок пользования - закрепить кто какой комнатой пользуется. При этом - прописаны все останутся именно во всей квартире, без привязки к комнатам. Соглашение о порядке пользования - можно заключать при наличии согласия всех сособственников - как в простой письменной, так и в нотариальной форме...

Выделить в натуре нельзя, а вот определить порядок пользования можно. Делается это через официальное соглашение всех участников общей долевой собственности.

ни как

никак

Любой договор об определение в пользовании долей либо нотариальный или ППФ,но обязательная регистрация, чтоб потом не было проблем.

"можно ли указать в соглашение кто в какой комнате зарегистрирован?"
Прописку по комнатам "раскидать" нельзя. Все остануться прописаны во всей квартире. Поэтому для прописки кого-либо, кроме своих несовершеннолетних детей, по-прежнему необходимо будет согласие всех собственников. Квартплату можно разделить на разные квитанции, но боюсь, что это будет пропорционально долям, а не площади занимаемых комнат.

Нельзя выделить доои в комнаты. Можно определить порядок пользования этими долями: дооя такая-то - комната столько-то метров, пользуется ею такой-то. Соответственно, и регистрация будет не в комнате, а в квартире.
Не делят сейчас квартиры на комнаты - антикоммунальная политика, борьба с коммуналками.
Договор определения порядком пользования составляется нотариально. Регистрировать его не надо. Это как добровольное соглашение сособственников на данном отрезке времени.
Появится новый собственник - надо будет составлять новое соглашение.