Дело в том, что осуществление предпринимательской деятельности - это не только сдача в аренду. Вы по факту использовали помещение в предпринимательской деятельности и в данном случае налоговая руководствуется позицией Минфина и КС РФ. Кстати, факт закрытия ИП также не спасает в Вашем конкретном случае и об этом тоже в позиции Минфина говорится, пожалуйста посмотрите.

Письмо Минфина от 15 августа 2017 г. N 03-04-05/52220, от 11 августа 2017 г. N 03-04-05/51705.

Департамент налоговой и таможенной политики рассмотрел обращение по вопросу обложения налогом на доходы физических лиц доходов от продажи имущества, которое использовалось в предпринимательской деятельности, и в соответствии со статьей 34.2 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) разъясняет следующее.
Как следует из представленных материалов, индивидуальный предприниматель, применяющий упрощенную систему налогообложения, использовал недвижимое имущество в предпринимательской деятельности (сдача помещения в аренду). В связи с прекращением предпринимательской деятельности имущество, которое находилось в собственности более трех лет, планируется продать.
Согласно статье 2 Гражданского кодекса Российской Федерации предпринимательской деятельностью является самостоятельная, осуществляемая на свой риск деятельность, направленная на систематическое получение прибыли от пользования имуществом, продажи товаров, выполнения работ или оказания услуг лицами, зарегистрированными в этом качестве в установленном законом порядке.
Физические лица, зарегистрированные в качестве индивидуальных предпринимателей, вправе самостоятельно выбрать режим налогообложения.
Так, налогоплательщики, зарегистрированные в качестве индивидуальных предпринимателей и использующие общий режим налогообложения, при исчислении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеют право на получение профессиональных налоговых вычетов в сумме фактически произведенных ими и документально подтвержденных расходов, непосредственно связанных с извлечением доходов в соответствии с пунктом 1 статьи 221 Кодекса. Указанные налогоплательщики уплачивают налог по ставке в размере 13 процентов.
При этом состав указанных расходов, принимаемых к вычету, определяется налогоплательщиком самостоятельно в порядке, аналогичном порядку определения расходов для целей налогообложения, установленному главой 25 "Налог на прибыль организаций" Кодекса.
Физические лица в отношении доходов, полученных ими от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, в соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц в соответствии с пунктом 3 статьи 210 Кодекса имеют право на получение имущественного налогового вычета при продаже имущества, а также доли (долей) в нем.
Вместе с тем подпунктом 4 пункта 2 статьи 220 Кодекса установлено, что, если иное не предусмотрено подпунктом 2.1 или 2.2 указанного пункта, положения подпункта 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса не применяются в отношении доходов, полученных от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности.
Также налогоплательщик не вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом на доходы физических лиц доходов, полученных от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности, на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества, учитывая, что указанный налогоплательщик не имеет права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса.
Равным образом у налогоплательщика, прекратившего деятельность в качестве предпринимателя, отсутствует возможность воспользоваться правом на уменьшение суммы облагаемых налогом на доходы физических лиц доходов на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с получением таких доходов в порядке, предусмотренном подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса. Следовательно, определяющее значение в указанных случаях имеет характер использования имущества.
Согласно правовой позиции Конституционного Суда Российской Федерации, изложенной в определении Конституционного Суда Российской Федерации от 29.03.2016 N 487-О, возможность применения имущественного налогового вычета при продаже имущества для целей исчисления и уплаты налога на доходы физических лиц не распространяется на индивидуальных предпринимателей, использующих имущество в предпринимательской деятельности. В свою очередь, для индивидуальных предпринимателей предусмотрен особый порядок учета расходов как при уплате налога на доходы физических лиц (статья 221 "Профессиональные налоговые вычеты"), так и при переходе на упрощенную систему налогообложения (глава 26.2 "Упрощенная система налогообложения" Кодекса)."