Добрый вечер. Если в вопросе речь идет о строящемся жилье, то свяжитесь с отделом продаж застройщика. Если о чем-то другой, то распишите вопрос максимально подробно. В своем вопросе Вы используете термины, которые специалисты рынка недвижимости понимают по своему...
Зарезервировать - значит скорее всего речь о сделке на первичном рынке.
Первоначальный взнос - значит в сделке планируется ипотека.
Чтобы корректно дать комментарий по существу вопроса необходимо обладать максимально корректной исходной информацией.

Если речь идет о ипотеке - да. Мат.капитал может быть первоначальным взносом. Если без ипотеки, то Вы должны договориться с продавцом о том, что первую часть вы оплачиваете мат.капиталом, вторую с продажи квартиры (как правило на это мало кто идет). А вообще подобные сделки делаются через альтернативу. Здесь лучше нанять специалиста, которых на форуме в изобилии. Удачи Вам!

Да, маткапитал можно использовать при первоначальном взносе ипотеки. Полностью и/или частично.

Если вы покупаете квартиру у застройщика, то такая операция называется "трэйд-ин" - застройщик засчитывает стоимость вашей квартиры, в оплату покупаемой. Непосредственной реализацией квартиры занимается Агентство недвижимости, аккредитованное у застройщика. О такой возможности нужно разговаривать непосредственно с Застройщиком.

Купить квартиру по такой схеме на вторичном рынке - сложнее. Но можно. В вашем случае такая схема будет называться "альтернативой". Вы получаете одобрение банка на ипотеку, находите покупателя на свою квартиру, а после этого договариваетесь о покупке желаемой квартиры. Оформление и регистрация обеих сделок происходят в один день.