Здравствуйте. Все сделки с недвижимостью недееспособного совершаются с разрешения органов опеки. Если никто не согласится стать опекуном, то тут возникает вопрос, что будет с его собственностью. Если дядя попадёт в ПНИ, то он будет считаться временно отсутствующем, при этом, если его признают недееспособным, то в приватизацию его обязательно включат. Если дядю прописать в другой объект (в Вашу комнату), то приватизировать комнату можно будет, но т.к. его признают недееспособным, то тут будет явное нарушение его прав и в случае иска в суд, то большая вероятность, что за ним признают право собственности или долю в комнате. Тот, кто берёт на себя обязательство по опеке, тот обязан обеспечивать уход за подопечным. Если комната не будет приватизирована, то отказ от преимущественного права покупки нужно получить от города, прописанные тут ни при чём.

"- если дядя попадёт в ПНИ когда квартира не приватизирована, обязательно ли его там пропишут и потеряет ли он право на долю в приватизации?" - нет. по крайней мере, это можно будет довольно легко оспорить;
"- если дядя будет прописан в моей комнате (которая уже приватизирована), но не будет иметь долю собственности и потом попадёт в ПНИ, нужно ли будет согласие директора ПНИ и органов опеки на сделку купли-продажи с этой комнатой?" - нет. но дядя будет иметь право пожизненного пользования. и тут уже может подключиться богадельня, официально или не очень;
"- допустим дядю признают ограниченно дееспособным, может ли быть такое, что отец или сестра оформят попечительство, но оставят его жить со мной и матерью без нашего согласия?" - это не относится к вопросам недвижимости. но в целом "оставить жить с кем-то" - это внеюридическая категория;
"- верно ли что если я решу продавать свою комнату третьим лицам, преимущественное право покупки есть у администрации города и согласия остальных проживающих в неприватизированном помещении не требуется?" - 1) да; 2) да. при этом не знаю как в вашем регионе, но в москве город не будет выкупать комнату в коммуналке, если ее не пасут конкретные люди (что бывает крайне редко. крайне.);
"- нужно ли согласие дяди, если мы с матерью решим отделить лицевой счёт и приватизировать только нашу часть?" - этого у вас не получится. см. ответ анны орловой;
"(к слову тётя в своё время отделяла лицевой счёт и приватизировала без согласия прописанных матери и дяди, но с участием отца квартиросъемщика - опять же есть сомнения в законности этих действий)." - в итоге не очень понятно: у вас часть квартиры (комната) была приватизирована, и потом вы ее купили? а часть продолжала оставаться муниципальной? то есть квартира состояла из комнаты+комнат(-ы)? тогда не очень понятно, зачем вам выделять лицевой счет, если уже выделены комнаты? иложите подробности детальнее, а то не очень понятно;
"- в случаи смерти дяди после приватизации, его долю нужно будет делить только между ближними родственниками? Директор ПНИ или органы опеки не будут иметь к этому отношения?" - нет. если только руководство мед.учреждения не будет участвовать в мошенничестве (в москве, к сожалению, такая схема имеет место быть. достаточно вспомнить печально известного директора интерната в садовниках). но с законной точки зрения это исключено.

"Кто является нанимателями неприватизированных комнат?" -
На мое имя приходят квитанции, я наниматель.

Здравствуйте. Вопрос объёмный и совершенно не для форума. Но тем не менее, выскажу мнение, что на дядю НУЖНО приватизировать недвижимость и при последующем размене обязательно наделять его собственностью. Наверняка ведь он вселялся по ордеру...