Подписать между сторонами дополнительное соглашение, где меняете источник оплаты. Доп. соглашение не регистрируется в Росреестре и остается только у сторон.

И платежный документ к доп.соглашению - банковский документ (при безналичной оплате) или расписка (при наличной оплате).

Добрый день! С учётом того, что переход права по договору уже осуществлён, то я бы не стал лишний раз дёргаться с дополнительными соглашениями. Да, неприятная запись в договоре останется, но это не смертельно и с этим можно жить дальше )
Рассчитайтесь с продавцом наличными или через банковский перевод, получите от него рукописную расписку о получении денег в полном объёме, расписав суммы по датам. Пусть допишет, что покупатель исполнил обязательства по договору своими личными средствами, не привлекая средства субсидии, что претензий к Вам не имеет, а также подпишите акт приёма-передачи имущества. Это Вам необходимо априори, а также поможет при дальнейшей продаже недвижимости, ибо нужно как-то объяснить потенциальному покупателю откуда появилась ненужная запись в ДКП. Естественно, что при таком раскладе, покупатель дополнительно запросит документ использования маткапа при покупке другой недвижимости, право на которое Вы НЕ потеряли (это ответ на Ваш второй вопрос) или потребует выписку из ПФР, где сумма остатка подтверждает наличие всех средств на своём месте, что очередной раз продемонстрирует факт нелепости записи в качестве технического брака при первой неудачной попытке использования субсидии. С уважением, Арман!

Здравствуйте. Сделайте дополнительное соглашение к договору с указанием изменившихся взаиморасчётов. Соглашение следует подписать и подать в Росреестр. Регистрации оно не подлежит, но в делах пусть останется. Произведите взаиморасчёты. Желательно в безналичной форме. Материнский капитал сможете в дальнейшем использовать.