Здравствуйте. Сначала нужно зарегистрироваться по месту жительства в квартире, я так понимаю , супруг вселялся изначально по ордеру. Ваш супруг сохраняет право на жилье вне зависимости от срока отбывания наказания. Такая норма закреплена в ст. 71 ЖК РФ (Права и обязанности временно отсутствующих нанимателя жилого помещения по договору социального найма и членов его семьи): "Временное отсутствие нанимателя жилого помещения по договору социального найма, кого-либо из проживающих совместно с ним членов его семьи или всех этих граждан не влечет за собой изменение их прав и обязанностей по договору социального найма."
Будучи уже зарегистрированным, следует внести изменения в договор соцнайма, ну и потом можно заключать договор передачи квартиры от своего имени (приватизация).

Я заметила вот что:
"после отбытия не успел прописаться, снова посадили",
" начали делать документы на договор соц.найма. не успели умерла мама",
" пока собирали документы умер отец".

В этой квартире, как только человек вышел из тюрьмы, отсидев два срока подряд (!) все начали умирать один за другим. Вы действительно хотите жить в этой квартире и с этим человеком? Вот главный вопрос, над которым надо подумать, чтобы печальная история не имела продолжения.

В любом случае сначала нужно прописаться. Хоть и через суд. У него есть на это права. Его же при первой отсидке выписывали с этого адреса? Штамп в паспорте есть? Или в паспортном столе дело поднять можно. Так что восстанавливаете прописку. Делаете договор соцнайма. И дальше живете. Можно и приватизировать потом (если будет желание)