Светлана, Вы имеете право указать любую стоимость за Вашу долю в договоре, а остальное указать на долю отца. И кадастровая стоимость при расчете налога на доход от продажи Вашей доли НЕ учитывается, потому что собственность на нее у Вас появилась до 2016 года, т.е. ДО вступления в силу новых правил налогообложения.
А можно просто подарить вашу долю отцу, если он резидент, и потом уже он будет продавать квартиру целиком - у него налога не будет, т.к. его срок владения квартирой отсчитывается от даты первоначального приобретения.
(Письма Минфина РФ разъяснительные: от 19.03.2013 № 03-04-05/7-243, от 14.03.2013 № 03-04-05/7-226, от 06.03.2013 № 03-04-05/7-184, от 27.02.2013 № 03-04-05/9-149, от 09.02.2012 № 03-04-05/9-144, от 07.02.2012 № 03-04-05/5-127, от 03.02.2012 № 03-04-05/5-111, от 01.02.2012 N 03-04-05/7-100, от 12.01.2012 № 03-04-05/5-3, от 16.12.2011 № 03-04-05/5-1057, от 15.12.2011 № 03-04-05/7-1045, от 13.12.2011 № 03-04-05/7-1033, от 29.11.2011 № 03-04-05/7-962, от 28.11.2011 № 03-04-05/5-950, от 28.11.2011 № 03-04-05/7-953, от 17.11.2011 № 03-04-05/7-902, от 15.11.2011 № 03-04-05/7-892, от 21.10.2011 № 03-04-05/5-773, от 21.10.2011 № 03-04-05/9-764 )
Могу еще добавить...))

Спасибо. Очень помогли.

Если Вы - нерезидент, то встречная покупка Вам не поможет. Единственный способ законно не платить налоги - это последовать совету Ирины Владимировны: подарить свою долю отцу, чтобы он потом продал квартиру целиком. Вам только придется заплатить нотариусу за оформление дарения своей доли.
Не важно, будут ли объединены доли.

Хочу уточнить такой момент. Если у меня будет сразу встречная покупка на туже сумму, (стоимость моей доли). Тогда нужно ли будет платить 30% или дохода не будет? Спасибо.

Ирина Владимировна спасибо большое. Значить налог 30% мне придётся оплатить от суммы указанной в договоре? И ещё, при дарении моей доли отцу нужно ли объединить доли в одну или же лучше нет? Будет ли в новой регистрации права стаять дата первоначального владения ? Спасибо.