Здравствуйте!

В период с 2007 по 2009 расселил коммуналку и последний договор купли продажи на жилое помещение мной как физ.лицом был заключен и получено свидетельство на право собственности на жилое помещение в конце 2009 года. Т.е. прошло более 3х лет.
Затем до конца 2011 года реконструировал помещение в том числе как физ.лицо оплачивал все строительно-ремонтные работы через банк по договору со строительной организацией.
В конце 2011 года перевел помещение в нежилой фонд и получил новое свидетельство о праве собственности на нежилое помещение. С его получения 3х лет не прошло.
Кроме того являюсь ИП с прописанным видом деятельности "сдача внаем собственного нежило недвижимого имущества" (74.13.2). И сдавал указанное помещение в аренду с конца 2011го до середины 2013го года о чем есть договор аренды, приходы по банку, отчисления 6% по упрощенке и сдача соответствующей налоговой отчетности от имени ИП.

А вот теперь три вопроса.
1. Если я сейчас продам это нежилое помещение (как физ.лицо естественно), то три года будут отсчитываться от начала владения "нежилым объектом" (по дате выдачи последнего свидетельства) или от начала владения "просто объектом" (квартирой) который я покупал как жилое помещение и который в итоге стал нежилым? Иными словами попадаю я на необходимость платить налоги с дохода от продажи такого помещения или нет?
2. Если все таки попадаю то с какой суммы? т.е. уменьшают ли расходы на реконструкцию и ремонт помещения налогооблагаемую базу? Ведь именно в результате этой реконструкции помещение и стало нежилым. Уменьшают ли налогооблагаемую базу нежилого объекта расходы на покупку жилого объекта которым помещение было до перевода в нежилой фонд?
3. В интернете попадались замечания, что т.к. сдача в аренду нежилого имущества физ.лица является самостоятельным видом деятельности, то и налоги я должен был с таких доходов платить как физическое лицо по ставке 13%, а не как ИП на упрощенке по 6%. Это не попадаю ли я ещё до кучи и на нарушение налогового законодательства?

Огромное спасибо за ответы! Особенно если они будут с указаниями на конкретные статьи законов.