Вы совершенно правильно понимаете, что если есть уже альтернатива, то следует подавать документы в опеку. Имея на руках разрешение опеки , продать квартиру проще при условии корректной цены.
По поводу налога, то конечно, налог при продаже менее 5 лет в соб-ти заплатить придется (если квартира приобретена) по возмездной сделке. Но возможно сделать взаимозачет, если до сих пор не получали вычет с покупки квартиры (в том числе и за "детские доли").

Добрый день! Доли не переходят. В одной квартире они продаются, в другой- покупаются. Опека разрешит только одновременную куплю-продажу, т. е. альтернативную сделку. Свою продали и тут же другую купили. Для этого надо в опеку сначала сходить на консультацию по месту прописки детей. Они Вам дадут список документов, которые будут необходимы для их одобрения. Если все владеете квартирой по безвозмездной сделке более 3 лет( а по возмездной- 5 лет), то платить налог не придется.