Улучшение жилищных условий никак не связано с налогом, который возникает при продаже квартиры менее 3-х лет в собственности. По той квартире у Вас налог 13% с разницы от продажной стоимости и расходов, то есть; 4 600 000-3 500 000= 1 100 000*13=143 000 к уплате.
Налоговый вычет можно получить только при покупке жилых помещений, к которым апартаменты не относятся.

Ирина, Вы можете при подсчете суммы, с которой надо уплатить налог, вычесть из дохода от продажи этой квартиры следующие расходы:
1.) сумму пая.
2) сумму уплаченных процентов по ипотеке.
3) все расходы по оформлению этой квартиры в собственность.
4) Если квартира сдавалась без внутренней отделки, и если это указано в Вашем договоре с ЖСК, то вычесть можно расходы на ее отделку с предъявлением платежных документов.
Кроме того, Вы имеете право на вычет по покупке ПРОДАВАЕМОЙ квартиры, которым можно "зачесть" возникший налог на доход от продажи.
А вот за апартаменты вычет получить невозможно, потому что это нежилое помещение.
И посчитайте как следует срок владения - по ЖСК он не с даты регистрации права вычисляется, а с даты полной выплаты пая и даты введения дома в эксплуатацию, т.е. считается дата, когда оба эти условия исполнены.
При этом для освобождения от налога минимальный срок владения для такого объекта будет составлять три года, если выполнение обоих указанных условий наступило до 2016 года. А если после 1.01.2016 года, то этот срок, увы, будет уже 5 лет.