Здравствуйте. От суммы в договоре. Эту сумму Вы можете уменьшить на стоимость покупки и уже от полученной разницы заплатите 13%.

Сумма в договоре долевого участия (ДДУ) или цессии, стоит 1 600 000. Что значит в Росреестре 1 900 000???
Буду исходить из того, что в ДДУ 1 600. При условии, что в ДДУ есть указание о том, что квартира передаётся без отделки, то к расходам можете применить подтверждённые траты на ремонт, что может существенно снизить НДФЛ. Чеки на стройматериалы должны быть произведены наличными или с карты собственника. Расходы на подрядные работы должны быть документально подтверждены. Например:
• Сумма в ДДУ 1 600
• Стройматериалы на 500 000
• Подрядные работы на 300 000
Итого: 2 400 000 вышла затратная часть. 3 000 000 – 2 400 000 = 600 000*13% = 78 000 рублей, это будет НДФЛ.
Верно при условии, что кадастровая стоимость квартиры равна или менее 4 286 000 рублей.
Если в договоре с застройщиком нет прямого указания, что квартира передана без отделки, то вышенаписанное не пройдёт.

Здравствуйте. Мин.налогооблагаемая база=70% от кадастровой стоимости. В договоре меньшую сумму указывать не следует. Оптимизировать можно, применив вычет по расходам на приобретение.