Для налоговой обмен равноценен двум сделкам купли-продажи. Поэтому налоги расчитываются следующим образом.
1) Если Квартира А оценена в договоре мены в 5,2 млн. рублей и кадастровая стоимость этой квартиры 5,2 млн. рублей, то налог составит 5,2*13%=676 тыс. рублей. При этом Вы можете применить один из вычетов - или 1 млн. рублей или расходы на приобретение этой квартиры. Допустим, квартира досталась Вам по безвозмедной сделке (подарили, приватизировали, наследство). Налог в таком случае составит (5,2-1)*13% = 546 тыс. руб. Если Вы, например, приобретали эту квартиру по договору купли-продажи за 5 млн., то налог составит (5,2-5)*13% = 26 тыс. руб.
2) По квартире Б надо смотреть, на основании какой сделки и как давно (3 или 5 лет) возникло право собственности. От этого зависит освобождается ли продавец такой квартиры от уплаты налога или нет. Если налог все же нужно платить, то схема расчета аналогична варианту с квартирой А.
При этом помимо указанных выше вычетов каждая из сторон может применить вычет на покупку жилья (если он не применялся сторонами ранее по другим сделкам). Размер вычета - 2 млн. на каждую из сторон сделки (если продавцов и покупателей в договоре больше, чем 2, то каждый из них может воспользоваться этим вычетом).
Это общая схема расчетов. Не видя Ваших документов (как давно и на основании чего возникло право собственности на объекты недвижимости, сколько собственников и т.д.) более точно ответить сложно. Надо смотреть документы.

Добрый день.
Статьей 567 Гражданского кодекса Российской Федерации определено, что к договору мены применяются соответственно правила о купле-продаже, если это не противоречит правилам главы 31 Гражданского кодекса Российской Федерации и существу мены. При этом каждая из сторон признается продавцом товара, который она обязуется передать, и покупателем товара, который она обязуется принять в обмен. В соответствии с п. 3 ст. 210 Налогового кодекса (далее НК РФ) для доходов, в отношении которых предусмотрена налоговая ставка 13%, установленная п. 1 ст. 224 НК РФ, налоговая база определяется как денежное выражение таких доходов, подлежащих налогообложению, уменьшенных на сумму налоговых вычетов, предусмотренных ст. ст. 218 - 221 НК РФ. Налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ, в сумме, равной стоимости обмениваемой квартиры, находившейся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 млн. руб. При мене квартиры, находившейся в собственности налогоплательщика три года и более, налоговый вычет предоставляется в сумме, равной стоимости обмениваемой квартиры. На основании абз. 2 пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного указанным подпунктом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
*** абзацы, пункты и подпункты статей могут не совпадать с действующей редакцией, ибо законы у нас меняются очень часто, а этот ответ я давал ранее. Суть не изменилась.