Ваши налоги не связаны с внутренними делами компании, где работает арендатор. Есть прибыль - возникает налог! Законопослушные платят - другие нет! Кому-то везёт - другим не очень! Выбор за Вами :))

Как правильно уже ответили, в данной ситуации оплата налогов лежит на вас. Если арендует юридическое лицо, то по закону оно выступает налоговым агентом и обязано платить налог за физлицо, у которого арендует квартиру. Дополню, что раз по их бухгалтерии проходит этот договор, то от налогов вам лучше не скрываться) Но этот тонкий момент зависит от того, как проходит по документам компенсация сотруднику. А вообще не зря говорят: "Заплати налоги и спи спокойно". Я заметила, что в последнее время собственники чаще хотят быть законопослушными и узнают как нужно отчитываться перед налоговой. Некоторые даже предпочитают заключать договор с юрлицами, чтоб снять с себя беготню по выплате налогов ;-)

Если бы предприятие само с Вами рассчитывалось,то тогда оно обязано было бы платить за Вас налог. А в данной ситуации- Ваш доход получен от частного лица и тут работодатель Вашего арендатора ни при чем.
Если Вас мучает вопрос платить или не платить,то советую не тянуть с декларацией.Выплата Вам средств зафиксирована и может быть обнаружена любым налоговым инспектором.