1. Налог платите с разницы (сумма в договоре продажи - расходы по приобретению в договоре покупки, в том числе субсидированные средства = Х*13 - налог к уплате. Не забудьте заполнить декларацию 3-НДФЛ до 30 апреля года следующего после продажи квартиры).
2. Имущественный вычет с покупки возможен только со средств налогоплательщика, если помимо субсидии были свои средства, то в рамках этого договора можете получить вычет по своей части расходов. Если своих средств при покупке не было или была сумма незначительная, то после покупки новой квартиры на средства вырученные от продажи старой квартиры - можете применить имущественный вычет с покупки и добрать сумму до установленного законом максимума, то есть до 260 000 рублей с двух миллионов.
Если при приобретении имущества были использованы кредитные средства, то плюс 390 000 рублей с трёх миллионов – это максимальная сумма выплаты с расходов на строительство и приобретение жилья (земли под него) при погашении процентов по целевым займам (кредитам). С уважением, Арман!

Налог будет с разницы, несмотря на то, что покупали на субсидийные деньги. Но там еще надо, чтобы цена продажи была не меньше, чем 70% от кадастровой стоимости, иначе считать налог придется не с цены договора, с кадастровой стоимости, умноженной на коэфф. 0,7.
А вот вычет на покупку с приобретения на субсидийные деньги Вы не сможете получить. Только с покупки другой квартиры можно, даже если она будет куплена на деньги, вырученные от продажи квартиры, приобретенной за субсидию.