Пожалуйста, повторюсь, что в любом случае, нужно смотреть документы, с отдельным зданием могут быть нюансы о которых Вы нам не сообщили.
Не сообщили не по причине того, что не захотели, а по причине того, что не посчитали важным, но в этом деле важна любая информация и любая мелочь.

Спасибо, Ирина Владимировна! Ну вообще изначально папа его и купил для размещения своей фирмы. Они там сидели до 2014 г, а потом он бизнес продал, и с 14 г. здание просто стоит пустое. Неужели в этом случае с мамы снимут полный налог?

В действующей редакции НК РФ речь идет об имуществе, использовавшемся в предпринимательской деятельности. Раньше речь шла об имуществе, используемом в предпринимательской деятельности индивидуальным предпринимателем. Чувствуете разницу? В действующей редакции исчез ИП .
Если физическое лицо ведет предпринимательскую деятельность без образования ИП, то это незаконно и это проблемы физического лица - так рассуждает ФНС.
А у Вас в собственности была половина этого здания, когда оно использовалось в коммерческих целях.
Тут думать надо и разбираться. 5 лет с момента закрытия компании - это, возможно, достаточный аргумент. Но утверждать ничего не буду.

Из авторитетных источников
Стельмах Николай Николаевич - Советник государственной гражданской службы РФ 1 класса
"Если на момент продажи имущества, которое было в собственности более 3 лет, гражданин уже утратил статус ИП, но ранее это имущество использовалось в его предпринимательской деятельности, то полученный доход от продажи такого имущества подлежит включению в налоговую базу по НДФЛ.
При этом не имеет значения, сколько времени прошло с момента утраты статуса ИП и какой режим применялся в период ведения предпринимательской деятельности. Ведь, применяя, например, ОСНО или "доходно-расходную" УСНО, предприниматель переносил стоимость имущества на расходы, уменьшающие налоговую базу, посредством начисления амортизации, если имущество было учтено в качестве ОС <22>. А применение УСНО (с любым объектом) или патентной системы изначально предполагает льготное налогообложение.
Более того, бывший ИП не имеет права на какие-либо вычеты по НДФЛ при продаже имущества, ранее используемого в предпринимательской деятельности, независимо от применяемого ранее режима налогообложения, так как предоставление вычетов будет равноценно повторному уменьшению налоговой базы".
Соответственно, весь доход от продажи имущества облагается НДФЛ по ставке 13%.

Ирина Владимировна, поняла Вас. "имущество использовалось в его предпринимательской деятельности" означает, что было на балансе у предприятия или ИП. В нашем случае это не так. Папа купил здание лично на себя, как физическое лицо, и ИП у него никогда не было. Он был владельцем и директором НПО, (по форме собств-ти ЗАО). Его предприятие в здании квартировалось, но никогда здание не было на балансе предприятия, всегда только в его личной собственности. Ну вобщем, я благодарю всех за ответы. Ясно одно: либо мы не платим ничего, либо платим очень много)))

Вы же, наверное, не знаете, но Ваш отец мог оформлять аренду этого здания от имени компании, заключая договор с собой и Вами, как собственниками здания - вот и Ваша предпринимательская деятельность, именно так может расценить ее налоговая.
А имущество НЕ на балансе предприятия - это совсем не мешает его использованию в предпринимательской деятельности. Физлицо сдает в аренду - вот Вам и предпринимательство.
Вопрос сложный. Посмотрите в кодексах, что считается предпринимательской деятельностью. Отсутствие статуса ИП не спасает. Но спасти может то, что здание сдавалось только одной компании, потому что тогда это не по всем параметрам подходит под понятие предпринимательской деятельности.
Почитайте литературу. Напишите письмо с подробным вопросом на сайте УФНС - положительный ответ сильно поможет при наличии претензий налоговиков на месте.
Кроме того, при расчете налога на доход от продажи недвижимого имущества, приобретенного налогоплательщиком до 2016 года, кадастровая стоимость не учитывается, а значит цену Вы можете поставить в договоре продажи любую: хоть реальную, хоть меньше нее.
Это всё, что я могу сказать в рамках интернет-консультации. А Вам в любом случае нужно обратиться к специалисту, т.к. вопрос многогранен и непрост, и экономия на специалисте может очень дорого Вам обойтись.