Цена по договору купли-продажи - расходы по ДДУ = 400 000 *13% = 52 000 рублей налог к уплате, если 70% от кадастровой стоимости НЕ выше продажной стоимости.
Если выше, тогда: 70% от КС - расходы по ДДУ = Х*13% = налог к уплате.
Если ранее не пользовались вычетом с покупки квартиры, то можете в одной декларации заявить этот вид вычета и свести к нулю возникший налог с продажи квартиры.
Все виды имущественных вычетов носят заявительный характер по инициативе налогоплательщика и на автомате сами по себе не заявляются.

Если продаёте в 2019 году, то обязательно нужно до 30 апреля 2020 года заявить вычет по расходам, а также вычет с покупки и взаимозачётом свести к нулю возникший налог.
Всё верно, разницу 168 тыс. можете получить уже по справке 2-НДФЛ или использовать в другой раз также взаимозачётом для погашения возникшего налога.

Вычетом воспользовалась частично: получила 40 тыс. из 260 тыс. При подаче декларации для получения остатка вычета возможно указать налог к уплате 52 тыс. и в итоге получить разницу 168 тыс.?

а кадастровая стоимость квартиры какая?