При продаже ранее минимального срока возникает налог с суммы дохода за минусом стандартного вычета на один миллион рублей, если в год продажи вычет не был использован и если его заявите (не путать с вычетом, который был получен за приобретение имущества в собственность).
Соответственно, если полученный Вами вычет при приобретении связан с этой долей, то логично, что были затраты, а значит - вместо применения стандартного имущественного вычета на миллион налогоплательщик имеет право уменьшить величину дохода, полученного от продажи имущества, на фактически произведённые и документально подтверждённые расходы, непосредственно связанные с приобретением этого имущества, в том случае, если затрат больше миллиона. Нужно посмотреть документы основания права - есть много нюансов и возможно, что налога не будет, но без исходной информации невозможно дать корректный ответ.

Спасибо за оперативный ответ.