Не будет собственник налогов платить. Никаких. Когда всё сделаете (купите, объедините, продадите). Попросите Даниила Пятецкого написать письмо в Минфин (с приложением всех копий документов). На случай, если все-таки вызовут в налоговую.
А так даже идти туда не нужно. "Прирост массы"

Если речь о ДОЛЯХ, а не о комнатах как объектах права, то Росреестр последнее время, если видно, что собственником всех долей становится одно и то же лицо, без всякого заявления тупо объединяет и выдает Свидетельство на всю квартиру.‌‌‌

Все-таки из вопроса следует, что объекты права в этой квартире - "комната" и "2 комнаты", не доли в праве на квартиру. Разделяя опасения Е. Назаровой и учитывая противоречивые письма ФНС, от греха (ИФНС) подальше не следует объединять "комнаты" в новый объект права - "квартиру". Последующая продажа (до истечения 5 лет от покупки 2-х комнат) будет по договору купли-продажи комнат, 2-х объектов. По 1-му объекту -комнате - налог ноль (владение более 3-х лет), по второму объекту (2 комнаты) - налог ноль по методу "доходы минус затраты на приобретение" (например за 5, 2 млн - покупаем 2-е комнаты, за 5,2 млн - продаем). Объединит "комнаты" без проблем новый собственник.

Людмила, продавать ТОЛЬКО комнатами, отдельными договорами.
То есть НЕ "купите, объедините, продадите", а :купите, продадите, затем покупатель объединит ( можно заявление на объединение сразу), но ИМЕННО ДКП КОМНАТ.
Никакие письма Минфина не нужны, письма Минфина для других случаев.
Если продать по комнатам отдельными ДКП, то и так налогов нет, и никакие письма не нужны.
Если " купите, объедините, ЗАТЕМ продадите". то тоже никакие письма Минфина не нужны, так как налог однозначно будет, а письма Минфина никак не помогут, ибо они О ДРУГОМ, то есть О ДОЛЯХ ОДНОГО ОБЪЕКТА, а НЕ об объединении РАЗНЫХ объектов.

Да понятно, Елена, что нужно думать над должным оформлением. По логике вещей, всё равно налога не должно быть. Это тот случай, когда письмо в Минфин обязательно. Иначе....((

Если бы квартира была, например, в Питере, то ответ Людмилы был бы полностью верен, прирост массы, так как в Питере комнаты -ДОЛИ одного объекта-квартиры.
Для Москвы на 100 % будет налог, ведь письма Минфина о ДОЛЯХ ОДНОГО И ТОГО ЖЕ объекта!ЕСЛИ продавцу СНАЧАЛА объединить выкупленные комнаты в квартиру на свое имя, а потом продать эту квартиру, то ( если определенный срок не вышел) налог на 100% будет.Ну. если только не за миллион продавать, но не об этом ведь речь.
Комнаты-ОТДЕЛЬНЫЕ объекты.
Прирост массы был БЫ верен, если бы ДОЛИ выкупали. Например, владеешь 1/3 комнаты и купил еще 2/3 этой же комнаты, или, например, владеешь какой-то долей квартиры ( дома), и выкупаешь другие доли этого же объекта.
Делается сделка ( ответ для автора вопроса) так- выкупаются комнаты у города, затем продаются покупателю отдельными ДОГОВОРАМИ КУПЛИ ПРОДАЖИ КОМНАТ, по цене выкупа, затем подается в Росрееср ( можно одновременно) заявление ПОКУПАТЕЛЕМ на объединение комнат в квартиру.
Вполне покупатели нормально к этому относятся, много раз делали, всегда соглашались.