Налог платите согласно системе налогообложения, которую сами выбрали и назначили в начале налогового периода. ИП не может рассчитывать на имущественные налоговые вычеты (5 лет в собственности не работает, но есть другой выход. Вам лучше на живую консультацию).

Т.о. если у ИП только патент на вид деятельности "сдача в аренду..." налогообложение сделки по продаже будет через Налог на доходы физических лиц по ставке 13%. В получении налогового вычета инспекция откажет при проверке декларации. Кстати по мнению Минфина закрытие ИП также не повлияет на применение вычета:

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМА
от 15 августа 2017 г. N 03-04-05/52220, от 11 августа 2017 г. N 03-04-05/51705

Департамент налоговой и таможенной политики рассмотрел обращение по вопросу обложения налогом на доходы физических лиц доходов от продажи имущества, которое использовалось в предпринимательской деятельности, и в соответствии со статьей 34.2 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) разъясняет следующее.
Как следует из представленных материалов, индивидуальный предприниматель, применяющий упрощенную систему налогообложения, использовал недвижимое имущество в предпринимательской деятельности (сдача помещения в аренду). В связи с прекращением предпринимательской деятельности имущество, которое находилось в собственности более трех лет, планируется продать.
Согласно статье 2 Гражданского кодекса Российской Федерации предпринимательской деятельностью является самостоятельная, осуществляемая на свой риск деятельность, направленная на систематическое получение прибыли от пользования имуществом, продажи товаров, выполнения работ или оказания услуг лицами, зарегистрированными в этом качестве в установленном законом порядке.
Физические лица, зарегистрированные в качестве индивидуальных предпринимателей, вправе самостоятельно выбрать режим налогообложения.
Так, налогоплательщики, зарегистрированные в качестве индивидуальных предпринимателей и использующие общий режим налогообложения, при исчислении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеют право на получение профессиональных налоговых вычетов в сумме фактически произведенных ими и документально подтвержденных расходов, непосредственно связанных с извлечением доходов в соответствии с пунктом 1 статьи 221 Кодекса. Указанные налогоплательщики уплачивают налог по ставке в размере 13 процентов.
При этом состав указанных расходов, принимаемых к вычету, определяется налогоплательщиком самостоятельно в порядке, аналогичном порядку определения расходов для целей налогообложения, установленному главой 25 "Налог на прибыль организаций" Кодекса.
Физические лица в отношении доходов, полученных ими от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, в соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц в соответствии с пунктом 3 статьи 210 Кодекса имеют право на получение имущественного налогового вычета при продаже имущества, а также доли (долей) в нем.
Вместе с тем подпунктом 4 пункта 2 статьи 220 Кодекса установлено, что, если иное не предусмотрено подпунктом 2.1 или 2.2 указанного пункта, положения подпункта 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса не применяются в отношении доходов, полученных от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности.
Также налогоплательщик не вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом на доходы физических лиц доходов, полученных от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности, на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества, учитывая, что указанный налогоплательщик не имеет права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса.
Равным образом у налогоплательщика, прекратившего деятельность в качестве предпринимателя, отсутствует возможность воспользоваться правом на уменьшение суммы облагаемых налогом на доходы физических лиц доходов на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с получением таких доходов в порядке, предусмотренном подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса. Следовательно, определяющее значение в указанных случаях имеет характер использования имущества.
Согласно правовой позиции Конституционного Суда Российской Федерации, изложенной в определении Конституционного Суда Российской Федерации от 29.03.2016 N 487-О, возможность применения имущественного налогового вычета при продаже имущества для целей исчисления и уплаты налога на доходы физических лиц не распространяется на индивидуальных предпринимателей, использующих имущество в предпринимательской деятельности. В свою очередь, для индивидуальных предпринимателей предусмотрен особый порядок учета расходов как при уплате налога на доходы физических лиц (статья 221 "Профессиональные налоговые вычеты"), так и при переходе на упрощенную систему налогообложения (глава 26.2 "Упрощенная система налогообложения" Кодекса).
Одновременно сообщается, что настоящее письмо Департамента не содержит правовых норм, не конкретизирует нормативные предписания и не является нормативным правовым актом. Письменные разъяснения Минфина России по вопросам применения законодательства Российской Федерации о налогах и сборах, направленные налогоплательщикам и (или) налоговым агентам, имеют информационно-разъяснительный характер и не препятствуют налогоплательщикам, налоговым органам и налоговым агентам руководствоваться нормами законодательства Российской Федерации о налогах и сборах в понимании, отличающемся от трактовки, изложенной в настоящем письме.

Заместитель директора Департамента
Р.А.СААКЯН

Добрый день!
Вот еще одна позиция Минфина от 2016 г.:

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО
от 19 апреля 2016 г. N 03-04-05/22399

Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел обращение по вопросу получения имущественного налогового вычета по налогу на доходы физических лиц при продаже квартиры и в соответствии со статьей 34.2 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) разъясняет следующее.
Для осуществления предпринимательской деятельности физическому лицу необходимо зарегистрироваться в качестве индивидуального предпринимателя без образования юридического лица с указанием видов деятельности, которые он собирается осуществлять, по Общероссийскому классификатору видов экономической деятельности.
Доходы от деятельности, подпадающей под вид деятельности, указанный индивидуальным предпринимателем при регистрации, признаются доходами, полученными от осуществления предпринимательской деятельности.
Учет доходов, полученных от осуществления предпринимательской деятельности, должен осуществляться налогоплательщиком отдельно от доходов, полученных вне рамок осуществления такой деятельности.
Доходы, полученные физическим лицом вне рамок осуществления предпринимательской деятельности, подлежат обложению налогом на доходы физических лиц в порядке, установленном главой 23 "Налог на доходы физических лиц" Кодекса.
Подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса предусмотрено, что при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц в соответствии с пунктом 3 статьи 210 Кодекса налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета, в частности, при продаже имущества.
Согласно подпункту 1 пункта 2 статьи 220 Кодекса имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 указанной статьи, предоставляется в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 Кодекса, не превышающем в целом 1 000 000 рублей.
В соответствии с подпунктом 2 пункта 2 статьи 220 Кодекса вместо получения указанного имущественного налогового вычета налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества.
Согласно подпункту 4 пункта 2 статьи 220 Кодекса указанный имущественный налоговый вычет не применяется в отношении доходов, полученных от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности.
Таким образом, налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета по налогу на доходы физических лиц при продаже квартиры в случае, если данная квартира не использовалась им в предпринимательской деятельности, в том числе если сдача в аренду данной квартиры производилась вне рамок осуществления предпринимательской деятельности.

Заместитель директора
Департамента налоговой
и таможенно-тарифной политики
Р.А.СААКЯН
19.04.2016

Я слышал’ что если сделать ОКВЭД на куплю-продажу недвижимости, то потом придётся платить 6% с любых продаж, даже если собственную дачу продаешь. Интересно, если продать без этого ОКВЭД и заплатить 6% как ИП просто как продажа имущества использовавшегося предпринимателем- потом 13% не заставят платить? Вроде довольно много судебной практики было на эту тему.

Всё упирается в понятие "предпринимательской деятельности". Если ИП имеет соответствующие ОКВЭД, то всё понятно - предпринимательская деятельность есть. Если же ИП не заявил соответсвующие ОКВЭД, то выходит, что ИП в этой ситуации в таком же положении, что и физик, сдающий квартиру. А вот есть ли у физика "предпринимательская деятельность" - вопрос мутный и однозначного ответа не имеет. Верховный суд разъяснил, что если сдается квартира, которая приобреталась для личных нужд, но временно не используется, то сдача в найм не является предпринимательской деятельностью... Но как быть с налогами налоговиками не понятно, так как даже самим не понятно, есть предпринимательская деятельность или нет. Нет четких критериев.

Да... Почитал еще. Налоги платит, как ФЛ, а вот льгот, полагающихся ФЛ в части освобождения от налогообложения - нет.

"17.1) доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период:
от продажи объектов недвижимого имущества, а также долей в указанном имуществе с учетом особенностей, установленных статьей 217.1 настоящего Кодекса;
от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.
Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от реализации ценных бумаг, а также на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества, непосредственно используемого в предпринимательской деятельности;"

Последний абзац. Т.е. получается НДФЛ 13%. Без права на льготы.
Более того, можно последний абзац трактовать так, что просто ФЛ без всяких ИП тоже теряет право на льготы, если ФЛ сдавало квартиру.

>>> Отсюда следует - если у вас патент только на сдачу квартиры в наем и слов про продажу квартир в нем нет, а это почти наверняка так, то вы продаете свою квартиру как ФЛ и ничего не опасаетесь

А то, что квартира прямо использовалась в предпринимательской деятельности, это ничего?

Отсюда следует - если у вас патент только на сдачу квартиры в наем и слов про продажу квартир в нем нет, а это почти наверняка так, то вы продаете свою квартиру как ФЛ и ничего не опасаетесь.

Вот такой ответ Минфина нашел по ИП с патентом:

"МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО
от 18 апреля 2013 г. N 03-11-11/13271

Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел обращение по вопросу налогообложения доходов от продажи недвижимого имущества индивидуальным предпринимателем, применяющим патентную систему налогообложения, и сообщает следующее.
В соответствии с п. 1 ст. 346.43 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) патентная система налогообложения устанавливается Кодексом, вводится в действие в соответствии с Кодексом законами субъектов Российской Федерации и применяется на территориях указанных субъектов Российской Федерации.
Патентная система налогообложения применяется индивидуальными предпринимателями наряду с иными режимами налогообложения, предусмотренными законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.
Согласно пп. 19 п. 2 названной статьи Кодекса патентная система налогообложения может применяться в отношении предпринимательской деятельности в сфере оказания услуг по сдаче в аренду (наем) жилых и нежилых помещений, дач, земельных участков, принадлежащих индивидуальному предпринимателю на праве собственности.
Статьей 346.47 Кодекса определено, что объектом налогообложения при патентной системе налогообложения признается потенциально возможный к получению годовой доход индивидуального предпринимателя по соответствующему виду предпринимательской деятельности, установленный законом субъекта Российской Федерации.
В соответствии со ст. 346.48 Кодекса налоговой базой является денежное выражение указанного дохода.
Подпунктом 1 п. 10 ст. 346.43 Кодекса установлено, что применение патентной системы налогообложения индивидуальными предпринимателями предусматривает их освобождение, в частности, от налога на доходы физических лиц (в части доходов, полученных при осуществлении видов предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения).
[b]Таким образом, денежные средства, поступившие индивидуальному предпринимателю в 2013 г. от продажи недвижимого имущества в период применения им патентной системы налогообложения, должны облагаться налогом на доходы физических лиц.[/b]
..................................."

Очевидно, все зависит от видов деятельности ИП и на кого был оформлен патент - на ИП или на физика. Сам по себе статус ИП ничего не говорит.