Да, если в ситуации продажи дома возникает налог, то теперь его придется заплатить. Для всего, что касается НДФЛ актуален налоговый период, который равен одному календарному году. Возможно есть какие-то другие варианты оптимизации, но для понимания необходимо больше исходной информации: стоимость продажи, кадастровая стоимость, основания и дата возникновения права собственности на дом.

Если продавец дома сама его покупала- то все решаемо.

Коллеги, в этой истории все"молодцы!", нет смысла спорить между собой - люди нашли друг друга, сами разберутся.

Дело обстоит так. Продавец пользовался помощью риэлтора покупателя, не заплатив ему за это ни копейки. Теперь предложение - виртуально заплатить риэлтору 52 тыр за услуги, оказанные в прошлом, а потом риэлтор их виртуально возвращает продавцу, а тот оплачивает допналог. Всё. )

Может задним числом сделать допсоглашение об изменении цены договора в меньшую сторону на 400 тыс.?

Анна, это не совсем то место, где стоит детально обсуждать подобные вопросы. Абсолютно солидарна с комментарием Ирины Владимировны, изложенным выше. Если вопрос будет решаться принципиально, нужен всего лишь хороший юрист.
Вопрос: с какой целью делалось завышение в размере 400 000 руб.?
Если речь идет об ипотеке, то дело вообще может зайти довольно далеко.

Вопрос с налогообложением этой суммы нужно было решать сторонам сразу, до выхода на сделку. Например, безболезненно для обеих отразить это в корректировке стоимости квартиры, а не полагаться на "авось", советуя продавцу сроки выхода на следующую сделку. Наверняка, продающая сторона задавала вопрос о налогах, когда к ней обратились с просьбой о завышении стоимости. Сегодняшний результат и его последствия для покупателя вполне можно было предположить, и, в течение последующих 6 месяцев постараться его не допустить. Или расчет был на то, что продавец чуть огорчившись, отнесет в налоговую 50 т.р., мол, сам проворонил? Хороший подход, главное - профессиональный. Судя по тому, как складываются обстоятельства, - не отнесет.

Продавец могла по обоснованным и уважительным обстоятельствам, возможно, от нее не зависящим, не успеть выйти на сделку в 2018 г. Поэтому, ее вполне можно понять в вопросе о возмещении суммы налога с 400 т.р., она ведь пошла вам навстречу в просьбе о завышении. Тем более, что эту самую сумму покупатель получит со своего имущественного вычета (по сути - за воздух). На сегодняшний день, продавец эту сумму не оплатил, а покупатель не получил. Как вариант, они могут оформить между собой соглашение о возврате этой суммы продавцу с указанием соответствующих сроков.

Мда.... на 52 лишние тысячи налога своим завышением вы продавца подставили в любом случае. Ибо нет разницы с каких денег платить налог: с вычета на покупку или из кошелька - это все равно уплата налога.
Судя по вопросу, вы очень далеки от понимания этой темы, поэтому теперь давайте разбираться с самого начала - возможно, что есть другие выходы из положения.
Итак. вопросы к Вам:
1. С какого года право собственности у продавца на землю?
2. С какого года собственность на дом?
3. Какова кадастровая стоимость земли?
4. Какова кадастровая стоимость дома?
5. Как, на основании какого документа был приобретен участок? Цена приобретения?
6. Каким способом был приобретен дом? Цена приобретения? Если продавец дом строила, то может ли доказать расходы на постройку и в какой сумме?
7. Какая сумма указана в договоре при продаже? Если за дом и землю цена в договоре обозначена отдельно, то какая она?
Ответьте на эти вопросы четко ПО ПУНКТАМ. Возможно, еще не все потеряно.

С вопроса не ясно попадала ли продавец дома на налог,или нет. Если да,то не использован ли у нее налоговый вычет с покупки,на который право дается один раз. Если не использовано,то ей нужно было в одном нал. периоде ,то есть в 2018 году ,купить квартиру,чтобы использовать вычет как взаимозачет по налогу ( в том случае если он возникает конечно) Теперь в описанной ситуации, она должна сначала заплатить налог (если он есть) а потом лишь получать вычет, в случае если она работает. И в такой ситуации ваше завышение на 400 тыс. рублей создаст ей дополнительную сумму налога с этой суммы.