А Вы в договоре мены оценку меняемого дома и квартир делали? Если нет и просто написали, что имущество равноценное, то я могу понять налоговиков. Так что пойдите и плюньте в лицо тому, кто составлял Вам договор. Теперь придется делать оценку квартир и вычет на покупку рассчитывать из оценки или кадастровой стоимости - надо смотреть, что выгоднее. Но налоговая может и так отказаться считать. Для начала напишите письмо с вопросом в УФНС. Если получите адресный (именно Вам) ответ, то они не смогут с ним не считаться. Если ни так, ни этак не получится, то придется идти в суд. Вычет на приобретенные по договору мены обязаны предоставить, просто они не знают из какой суммы исходить, если стороны договора мены не сделали в нем денежную оценку объектов.

Для целей налогообложения мена приравнивается к купле-продаже. Чтобы не было проблем в договоре мены в обязательном порядке необходимо отражать стоимость имущества.
Вычет при покупке Вам положен. Вопрос только с какой суммы?!
Вычет по дому 1 м.р. на троих., т.е. по 333 т.р. каждому.
Все у Вас крайне запутано и виной всему отсутствие должного опыта и знаний. Теперь доказывайте налоговой инспекции стоимость имущества и исходя из этой цифры считайте подлежащий уплате налог и полагающийся при покупке вычет.

По моему мнению вычет с продажи должен быть 1 млн на троих. Вычет на приобретение - зависит от того, что написано в договоре мены. Не очень понятно как камеральная говорит, что мену нельзя признать куплей-продажей если про это прямо написано в ГК РФ. То, что дом досталься вам безвозмезно не может означать, что вы его не можете продать))) Мена - это по сути 2 купли-продажи с деньгами со всеми вытекающими. Если бы вы продали дом и купили бы на эти деньги квартиры, то разве бы вас можно было лишить вычетов?