Никакого высшего пилотажа нет, налоговая элементарно всё отслеживает и если они расценят Вашу ситуацию, как предпринимательскую деятельность в рамках нежилого помещения, то не позволят применить имущественный вычет по расходам, а также вычет по минимальному сроку владения (данная норма по предпринимателям в собственных помещениях есть и она чётко сформулирована).

НО возникает вопрос, на основании чего налоговая должна сделать такой вывод?

"Предпринимательская деятельность может заключаться не только в использовании гражданином результатов труда, но и в использовании принадлежащего ему имущества для целей осуществления предпринимательской деятельности.
В ТО ЖЕ ВРЕМЯ владение, пользование, а также распоряжение имуществом не рассматривается само по себе в качестве признака предпринимательской деятельности, а рассматривается как осуществление правомочий собственника."

Это была выдержка из письма Минфина и на основании данного абсолютно разумного и грамотного утверждения я солидарно считаю, что человек сдавал своё единственное нежилое помещение, реализовал своё право в качестве физического лица и как добросовестный налогоплательщик уплачивал налоги с дохода по сдаче своего имущества, что органично вписывается в нормы и положения п.17.1. ст.217 НК РФ для физических лиц, которую ещё пока никто не отменял.

Автору, в связи с вышесказанным, считаю, что имеете полное право на все имущественные вычеты для физических лиц гарантированные законом и можете рассчитывать на вычет по расходом в том числе.

Как я считаю и вы, налоговую не волнует)) Много можно приводить доводов, что они не правы. Сейчас с этим сталкнулась. Вы можете пойти своим путем. Но быть готовы к такому развитию событий. Звонить им по кол.центру сразу скажу- бесполезо! каждый звонок новая версия. Факт продажи у вас уже совершился. Уменьшайте стоимость налога при продаже помещения на стоимость расходов при его приобретении и подавайте декларацию. А там уже пройдет или нет. в любом варианте вам это нужно сделать )

Добрый день! На данный момент вы заплатите 13 % от суммы продажи. Не примут у вас расходы.
С жильем уже учтонили законодательство с 1 января 2020 года. С нежильем ситуация не изменилась.

Вы напрасно недооцениваете этот федеральный орган.

Я бы на вашем месте включил в 3НДФЛ затраты на приобретение. Вы ничего не нарушаете.Очень мало вероятно, что налоговая отследит НДФЛ уплаченный с аренды, сделает из этого вывод связанный с предпринимательской деятельностью и свяжет это с налогом от продажи вашей квартиры.Это высший пилотаж, если честно. Мишустин, конечно много чего автоматизировал, но пока налоговая такого делать не умеет. Только если кому-то специально захочется и то не факт, что получится.