Если вы приобретаете долю брата свободными средствами без ипотеки (что вероятнее всего), перепланировка в квартире на возможность сделки никак не повлияет. Сделка имеет обязательную нотариальную форму. Обратитесь к любому нотариусу субъекта, в котором находится квартира.

Я так понимаю, что Вы с братом купили квартиру по ДДУ и собственности уже получена. (Бывает когда ключи есть, люди уже живут в доме, а регистрации собственности пока нет. Если регистрация собственности была произведена после сдачи дома, тогда у Вас "на руках" либо свидетельство о собственности либо выписка ЕГРН или ЕГРП и в квартире можно прописаться)

Если собственность на квартиру, купленную по ДДУ есть, тогда продажа доли(дарение) - это форма сделки в которой составление Договора купли-продажи(дарения) доли возложено на Нотариуса. Обойти это невозможно, закреплено законодательно.
Для совершения сделки через Нотариуса и покупки доли без применения ипотечных средств перепланировка не будет помехой.

Если же Вы планируете использовать ипотечные средства, для выкупа доли брата, то большинство банков пропустит такую перепланировку взяв от Вас письменное обязательство узаконить перепланировку.

Если собственность на квартиру, купленную по ДДУ все же отсутствует, тогда Вам необходимо дождаться ее получения, после чего Вы сможете совершить выкуп(дарение) доли у брата.

С уважением,
Алексеева Марина