давайте для начала разберемся, что конкретно вы имеете в виду. "нежилой фонд" - это одно, "апартаменты" - это другое.
постоянная регистрация (то, что обычно называют "пропиской") не разрешена в обоих случаях. временная регистрация - только в первом. в апартаментах вы можете оформить временную регистрацию, в нежилом фонде - нет.
что касается фактического проживания, то здесь то же самое: в нежилом фонде номинально проживать нельзя, в апартаментах можно. но по сути проживание в нежилом фонде неофициально многими практикуется. другое дело, что вам придется отбашлять околоточному, если например на вас нажалуются соседи, или он сам заглянет с проверкой (а также фмс и прочие контролирующие структуры). но номинально вы имеете право находиться в принадлежащем вам нежилом помещении хоть круглосуточно 24/7, поэтому тут открывается широкое пространство для споров с этими органами.
права на купленное нежилое помещение (не апарты!), если оно куплено должным образом и не имеет подводных камней в своей истории, у вас никто не отберет: оно находится у вас на основании права собственности. что касается проживания в нем, то тут как повезет, и насколько хватит нервов отбрехаться от проверок (если они будут)

Временную регистрацию - вообще не гарантия, что сделать можно будет.
Проживать можно где угодно, но есть ряд случаев, когда это может вызвать осложнения.
Не отберут
Выселить принудительно - тольько через суд и если вы будете там устраивать нечто такое, что будет постоянно и сильно мешать рядом находящимся. Даже из жилого помещения так сделать можно и судебная практика есть(принудительная продажа и переселение)

насколько я понял из вопроса, автор имеет в виду не апартаменты, а что-то типа подвалов, например, или подсобных помещений на первых этажах в новостройках ("дворницких" и тп). поэтому и уточнил, что в апартаментах временная регистрация возможна (хотя там в графе "назначение объекта" и будет указано "нежилое", но тем не менее), а в подвале или дворницкой - нет. по крайней мере, я о таких прецедентах не слышал.
если же речь идет чисто об апартаментах, то к перечисленным вами минусам можно добавить и дополнительные, например отсутствие налогового вычета, отсутствие возможности использовать маткапитал, могут забрать за долги (единственную квартиру, как жилое помещение, не могут), и так далее.
но мне показалось из вопроса что автор говорит о подвалах, или о помещениях на первых этажах, УЖЕ переведенных в нежилой фонд. а не об "официальных" апартаментах, с управляющей компанией, внутренней инфраструктурой и прочим.

Не риелтор - что то я в документах термина "апартаменты" не видел. Обычно там написано "нежилое помещение", или я ошибаюсь?
из минусов:
1. Больше ставка налога, но зачастую ниже кадастровая стоимость, так что иногда те же деньги
2. Может быть выше коммуналка.
3. Не всегда возможна регистрация (даже временная)
4. Не будет льгот (если Вы пенсионер или таковым станете)
5. В соседнем помещении могут устроить офис/склад/все что угодно (кроме производства).
Из плюсов
1.Обычно цена ниже, причем сильно.
2. Собственность не отберут
3. Не выселят