Можно сделать два договора дарения, налогов не будет.
Если есть согласие между сторонами, выписываться не обязательно.

В случае оформления договора дарения можно как- то дочери обезопасить себя от претензий со стороны родственников? Например, родной сестры (второй дочери).

При дарении между близкими родственниками налога не будет, ждать не нужно, после дарения минимальный срок ожидания, после чего можно продать без налога - три года, если между близкими родственниками. При мене и купле-продаже на первый план выходит минимальный срок владения, что не в пользу дочери у которой в собственности всего несколько месяцев, а также кадастровая стоимость, документы основания и т. д. Если решили не выписываться, то делайте ДВА договора дарения, перечислите ФИО всех зарегистрированных в договорах, как юридический факт, а не как условие. То есть: "на момент подписания договора в квартире зарегистрированы следующие лица: ФИО, ФИО, ФИО" и точка.

С наступлением даты: 01 января 2019 года, указывать срок «более трёх лет», уже не корректно. Право может образоваться уже в 2016-ом и так же будет иметь срок «более трёх лет», тем не менее, объект может и не иметь «налоговой амнистии», так как на часть объектов, право на которые зарегистрировано после 01. 01. 2016 г., минимальный срок владения наступает через ПЯТЬ лет, а не через три года.
Если у сторон, есть чёткое понимание того, что обе квартиры не будут продаваться в ближайшие три года, то делается два ДД (договор дарения). Никакого налогообложения при этом, не возникнет. Дарение между ближайшими родственниками, налогом не облагается. «Двойного договора дарения», в природе не существует.
Насчёт зарегистрированных лиц: ДД, это безусловный документ, в нём не допускается никаких взаимных выгод, будь то материальных или нематериальных. Это значит, что Даритель не может указывать фразы, что кто-то там останется зарегистрированным и/или проживать. Но, это законодательство, на практике же, госрегистраторы пропускают подобные ляпы и регистрируют переход права. Можно прописать в ДД фразу о том, что зарегистрированные лица будут сняты с учёта, а на деле, оставить всё как было.

Доброе утро, Андрей. Это можно сделать двумя договорами дарения, а не одним. Если какая-то из квартир находится в общей долевой собственности, то по этой квартире договор должен быть удостоверен нотариусом. При дарении между близкими родственниками, у одаряемогу налога не возникает при получении дара. Но при этом стоит учитывать возможную продажу, тогда продать без налога квартиру полученную в дар, можно будет только через три года. Если раньше, то налогом будет облагать сумма свыше 1 млн. При этом будет учитываться кадастровая стоимость, т.е. если кадастровая стоимость умноженная на 0.7 окажется выше цены, по которой квартира будет продана, то расчёт налога будет происходить с кадастровой. При этом нужно учитывать как приобретались квартиры. Если по возмездным сделкам (т.е. с привлечением денег), то необходимо будет брать согласия супругов.

Возможно лучше сделать договор мены. Т.к. мама владеет своей квартирой более 3-х лет, то она может указать любую стоимость. Лучше, если она будет рыночной, в дальнейшем в случае продажи её вами, можно будет избежать налога. При этом договор мены приравнивается к договору купли-продажи, а значит эта квартира будет считаться совместной собственностью супругов. В данном случае нужно понимать, как досталась квартира дочери, поскольку в её собственности она находится менее минимального срока владения, то может появится обязанность уплаты налога на доходы, опять же потому, что отчуждение квартиры по договору мены приравнивается к продаже. Если эта квартира приобреталась по возмездной сделке, то налоговую базу можно уменьшить на сумму понесённых и документально подтверждённых расходов на её приобретение. Т.е., если продать квартиру по договору мены по той же цене, по которой она была приобретена, то налога не возникнет. Если же квартира была приобретена по безвозмездной сделке, то как и в первом примере, нужно будет учесть кадастровую стоимость и не облагаемый налогом 1 млн. Если всё правильно оформить, то налогов можно будет избежать. В рамках форума не видя документов, конкретный совет невозможно, нужно учитывать многие факторы, в том числе кадастровые стоимости двух квартир.

Выписывать никого необязательно ни при дарении, ни при мене.

От налога не уйти, не надо фантазировать, не бывает договоров взаимного дарения, даже если бы были, это не освободил бы от налога. Ждите 5 лет, потом производите дарение друг-другу.
Наличие зарегистрированных людей не мешает оформлению перехода собственности, если с этим согласны стороны сделки.