На всякий случай - вдруг кому пригодится:
Питерский Росреестр наконец ответил, что если у квартиры 1 собственник, но у него 2 свидетельства (доли), то можно делать ДКП в ППФ и приложить к нему на регистрацию заявление об изменении режима собственности + 350 рублей пошлины за внесение изменений.