Если речь про 2-й пояс водоохраны источников питьевого водоснабжения г. Москвы, то проблема может быть. В Истринском районе МО - однозначно, а вот в Лыткарино такие дома регистрируют при их нахождении в 50 м от уреза воды р. Москва. Какой это домик (садовый или жилой) ,значения не имеет, дом регистрируется в любом случае с координатами, и запреты по санправилам, неверно трактуемые как администрациями, так и Росреестром, применяются к расположению от воды строений вообще, без учета их вида. За местной индивидуальной практикой целесообразно обратиться к кадастровому инженеру, имеющему аналогичный "свежий" опыт.