Есть перепланировки, не подлежащие узакониванию даже через суд, с этим сейчас очень строго. Печально конечно, желаю Вам удачи и пусть это будет последним сюрпризом, надеюсь, что перед покупкой проверили объект на юридическую чистоту, а не доверились тому юристу, который пропустил незаконную перепланировку.
"Как быть в этой ситуации?"
Оцените судебные перспективы и если специалисты в один голос утверждают, что нет шансов, то не имеет смысла оплачивать судебные издержки. Живите в квартире пока не дёргают, будут тревожить, тогда приведёте всё в изначальное состояние за свой счёт. А тревожить могут и с банка у которых подписанное Вами обязательство и с жил. инспекции и так далее.