Срок исчисления права собственности по наследству, в РФ исчисляется с даты смерти наследодателя, за очень редким исключением. Вы точно от него считаете, что нет трёх лет? Это распространённая ошибка, люди часто думают, что срок пошел тогда, когда был выдан документ от нотариуса или вообще, когда зарегистрировали право.
Если нет трех лет даже от даты смерти, надо понимать, как именно наследодатель приобрёл квартиру? Если, это была возмездная сделка, то Вы можете применить его/её расходы, к своим доходам и возможно вообще обнулить НДФЛ. Есть ряд нюансов, но тем не менее.
Применить расход к покупке земельного участка (ЗУ) к продаже квартиры, Вы не сможете. ЗУ, не является Жилым объектом, и сделать с ним взаимозачёт не получится.
Если ничего из вышенаписанного к Вам не подходит, то расчёт Анны верен и единственно правильный.