Согласен с Алексеем, рисков очень много. Марина, поверьте, Ваши вопросы весьма поверхностные и абстрактные и чем больше Вы будете разбираться в тонкостях приобретения квартиры у юридического лица, тем больше у Вас вопросов будет возникать. Настоятельно рекомендую Вам обратиться сразу к специалистам, что поможет сэкономить время и минимизировать риски. Если выбранный Вами вариант действительно достоен внимания, то стоит ли терять время в самостоятельных поисках ответов. И наоборот, если объект слишком подозрительный, то стоит ли в него влюбляться? Привлекательная цена бывает в двух случаях: нужно срочно или есть подвохи (последний вариант самый популярный). Берегите свое время и доверьтесь профессионалам.
Отвечу только на первый вопрос: комиссию платить скорее всего придется. Я знаю только один способ когда комиссия за перевод денегтне взимается - когда взаиморасчеты производятся в рамках одного банка и между юридическими лицами. Может существуют и другие. Но все тайны и знания нет резона предоставлять безвозмездно, согласитесь. А квалифицированный труд должен быть оплачен. Принимайте правильные решения и будет Вам счастье.

аккредитив и все будет ок.

Обратитесь к специалисту по сопровождению сделки,
эта не такие большие деньги,а риска много .

Откройте аккредетив.В вашем случае это будет более чем безопасно.

Марина, по моему опыту, покупка у юр. лица, хоть и имеет свои тех. и юр. особенности, описанные коллегами выше, является менее рискованным шагом нежели покупка у физ. лица. Правда, могу судить только по загородке. Есть коммерческие конторы, для которых скупка "проблемных" участков, например, из-под обременений типа непосильного кредита, в который вляпались собственники, является направлением бизнеса, поэтому у них сидят в штате специально обученные ушлые юристы, которые сначала досконально проверяют недвижимость, потом её одновременно с покупкой и в процессе "очищают" от обременений, при необходимости прибавляют ликвидности (космет. ремонт и т.п.), готовят полный пакет документов и только потом продают с неким профитом. Если это Ваш случай - значит, как минимум, объект УЖЕ проверен на вшивость :)

У страха глаза велики...
Комиссия во всех банках установлена в процентном соотношении от суммы платежа, но всегда есть разумное ограничение. Допустим 0,1% от суммы платежа, но не более 5 т.р. Это вполне себе допустимые затраты, которые без особых проблем можно понести.
Еще Вам одна подсказка, оплату договора производите в том банке, где у юридического лица открыт расчетный счет.
Передача денег при проведении расчетов через банк подтверждается приходно-кассовым ордером с отметкой банка. Потом еще у юридического лица можно соответствующий подтверждающий документ попросить.
Внимательно отнеситесь к формированию платежных документов, там четко должны быть прописаны основания для платежа. В противном случае могут быть проблемы с последующими налоговыми вычетами.
Рисков у Вас более чем достаточно, впрочем как в любой другой сделке связанной с приобретением недвижимости. Нивелировать все сложности/риски при проведении такой сделки, ответит на массу других вопросов, поможет все на должном уровне организовать и провести, подскажет и проконсультирует и т.д. нанятый Вами для сопровождения сделки риэлтор. Только уровень квалификации у него должен быть соответствующий. Проверить квалификацию несложно, звоните и сразу задавайте вопросы типа этого, а по ответам делайте выводы. Если необходима помощь, обращайтесь, контакты на страничке.

Комиссия при перечислении - это мелочи, по сравнению с другими вопросами, возникающими при покупке у юридического лица (ее можно избежать при внесении денег на счет юр. лица через банк, в котором у юр. лица открыт расчетный счет)... Наибольший риск - связан с полномочиями и одобрением сделки... Не стоит проводить такую сделку без сопровождения грамотного специалиста...

Оплата комиссии за б/н расчет - предмет Ваших договоренностей с продавцом, можно предложить оплатить комиссию на паритетных условиях. Ваши риски ничем не отличаются от рисков покупателя у физического лица.

Риска не больше, а скорее даже меньше, чем при покупке у физлица. Застройщики, например, все юрлица, но это почему-то никого не смущает. Естественно, при покупке у юрлица есть свои нюансы, в т.ч. по расчетам и необходимым для оформления (регистрации перехода права) документам.

Марина, самое меньшее "зло" в Вашем вопросе - это комиссия за перечисление денег Продавцу (неважно - физлицу или юрлицу). Например, эта комиссия в Сбере составляет 2 тыс.рублей независимо от суммы перечисления - во оно, стоимость "зла". А вот риски покупки у Юрлица очень большие - вплоть до потери квартиры или суммы, не прописанной в договоре. Обращайтесь - такие сделки с продавцами-юридическими лицами уже проводила - все в порядке