"Могут ли продавать квартиры в доме, на который не выданы соответствующими органами соответствующие разрешительные документы? " - могут, до момента получения собственности продают по уступке прав требования

"и что в таких случаях указывается в свидетельстве на право собственности в качестве основания приобретения недвижимости в собственности? " - свидетельства о праве собственности сейчас нет.
Если вы будете покупать как вторичку, то в документах-основаниях у вас будет договор купли-продажи.
Если речь о документах-основаниях продавца, то это может быть ДДУ, ЖСК, уступка по дду и тд - эта информация содержится в выписке егрн, которую вам должны предоставить как подтверждение того, что право собственности у продавца зарегистрировано.
а на банк особо не рассчитывайте: их задача выдать кредит

Сначала определитесь, какую форму договора Вам предлагают подписать: ДДУ, цессия, договор купли-продажи. От формы этого документа и будет зависеть, что Вы получите на выходе из сделки: собственность на квартиру или право требования этой квартиры. По-хорошему, все эти вопросы должен подробно разъяснить Ваш риэлтор. Если нет доверия риэлтору, обратитесь к кому-либо из специалистов на очную консультацию. Компетентно ответить на таким образом поставленный вопрос на форуме не представляется возможным.

"Риэлтор озвучил, что никак рисков нет, так еще и банк без проблем оформит ипотеку" Вы своему риэлтору задавали этот вопрос? Если у Вас получено одобрение банка по программе "Вторичное жильё" никакие первичные документы по сделке не пройдут. Только зарегистрированное право собственности. Либо получать новое одобрение, уже на новострой. Свидетельство, уже давным давно не выдается. В документе, который сейс=час заменяет св-во, это выписка из ЕГРН, может быть указано всё, что угодно.

Невозможно дать совет на основании - "одна бабка сказала" )). Сходите на очную консультацию!