Согласно п. 17.1 ст. 217 НК РФ освобождены от налогообложения НДФЛ доходы, получаемые от реализации иного имущества (нежилое помещение - это иное имущество), находившегося в собственности более минимального срока. Данная норма НЕ распространяется на доходы физических лиц от продажи имущества, используемого в предпринимательской деятельности. Это зафиксированный факт на сегодняшний день!

Ваш отец не может извлекать доход по результатам предпринимательской деятельности в долевом имуществе без согласия всех собственников. В юридические тонкости формы и содержания такого согласия не углубляюсь, будь-то нотариальная, либо любая другая, но даже если это договор безвозмездного пользования от дочек в пользу отца, то всё равно отец по итогам своей деятельности будет платить налоги со всей суммы полученного дохода. Тоже самое будет происходить при продаже этого имущества - отец заплатит налог со всей суммы по договору купли-продажи, т. к. помещение использовалось в предпринимательской деятельности, а Вы дали своё согласие, если даже оно вовсе и не на бумаге, то всё равно по умолчанию Вы не противились, чтобы отец извлекал доход с 2011 года, когда вы с сестрой стали участниками долевой собственности.
На мой взгляд и в сложившейся ситуации - рекомендую продавать нежилое помещение по долям разными договорами, если Вы с сестрой не замешаны в предпринимательской деятельности отца в рамках этого имущества. Тогда, отец заплатит налог от суммы продажи своей доли, а Вы с сестрой будете освобождены от уплаты налога по своим долям, так как владеете ими более минимального срока. Да, возникнут дополнительные расходы на нотариуса, но по крайней мере, по такой схеме отец автономно от Вас будет разбираться со своим налогом, возникшим по результатам продажи доли в нежилом помещении, которая использовалась в предпринимательской деятельности. А как он будет разбираться - это уже совсем другая история (будет декларировать, как ИП или физ. лицо - сам разберётся, исходя из документов, договоров, заявленного вида деятельности, выбранной системы налогообложения и т. д.). С уважением, Арман!

Ирина Владимировна, не очень корректно выразился, имел в виду, что вся сумма по дкп будет облагаться налогом, каждый будет платить за себя, Да, может быть это не совсем справедливо по отношению к девочкам, если они не имели ко всему этому никакого отношения, но ИМУЩЕСТВО реально использовалась и используется до сих пор в предпринимательской деятельности, а значит: "Согласно п. 17.1 ст. 217 НК РФ освобождены от налогообложения НДФЛ доходы, получаемые от реализации иного имущества (нежилое помещение - это иное имущество), находившегося в собственности более минимального срока. Данная норма НЕ распространяется на доходы физических лиц от продажи ИМУЩЕСТВА, используемого в предпринимательской деятельности".
Давая согласие на сдачу своего имущества, ведения предпринимательской деятельности в данном нежилом помещении - девочки должны были знать о возможных налоговых последствиях такой деятельности и если их это не устраивало, то должны были запретить или остановить эту деятельность с момента вступления в законные права в 2011 году. Раз они этого не сделали- значит всё устраивало и если даже никакого согласия не давали и не ведали, что в помещении происходит, то это не освобождает от ответственности по всему тому, что происходит в стенах собственного имущества. А не знание закона - не освобождает от ответственности!

Ой, Арман... поясните, пжлста! А как это "отец должен платить налог со ВСЕЙ суммы договора купли-продажи"??? Он же не получает ВЕСЬ доход от продажи.... с чужого дохода он должен платить налог?!

Вопрос в том, на основании каких документов Ваш отец использовал данное нежилое помещение в предпринимательских целях? Если договора аренды между вами (сестрой) с отцом нет - то вроде как налог вы платить не должны. Однако факт использования нежилого помещения в предпринимательских целях есть. Если договор аренды у вас с отцом есть и вы платили НДФЛ от полученных денег то платить налог при продаже не надо.