Даже если у Вас два отдельных объекта права, т.е. это действительно коммунальная квартира с комнатами №1, 2, 3, то вырученных средств от продажи на 2-х комн. квартиру в Москве в границах МКАД не хватит.
Трудности. Если дети несовершеннолетние, то вопрос продажи необходимо согласовывать с органами опеки и попечительства + обязательная нотариальная форма договора (дополнительные расходы). Дополнительно потребуется соблюдение права преимущественной покупки. Если речь идет о общей долевой собственности, то доли будут стоить меньше, чем комната + 100% обязательная нотариальная форма сделки.
Куда обращаться. Без разницы. Главное, чтобы Вам реальные гарантии того, что вопрос будет решен. Не удивляйтесь, если частные риэлторы будут отказываться от сотрудничества. Задача у Вас сложная и трудновыполнимая.

В вашей ситуации, я бы начал с опеки.
Смежные 2 комнаты общей площадью 25 метров по рынку можно продать как комнату 22 квадрата. На Дмитровской, наверняка, такие найдете.
Проблемные соседи - это всегда плохо. Очень часто бывает, что проблемные они только с нынешними сожителями(нужно пытаться наладить диалог с ними, получить отказ).
Второй момент это "добрать денег ипотекой", замечательно, что вы мыслите без иллюзий, но ипотека на опеку не всегда гладко ложится. Тут нужно понимание всей ситуации в целом.
Это сложная операция, не стоит ее доверять частным агентам(просто может не хватить связей и знаний юристов), также не стоит в вашей ситуации пытаться сэкономить на агенте. Кто такое проходил - знает сколько адекватно будет потрачено времени, сил, нервов и задействовано ресурсов.

Коллеги все грамотно изложили. По поводу к кому обращаться. В крупных агентствах, например, этими вопросами занимаются грамотные юристы с многолетней практикой по проведению сделок любой сложности. К тому же в крупных компаниях работают сертифицированные риэлторы, а это означает, что они ежегодно подтверждают свою квалификацию. Решать вам к кому обращаться. Качественная услуга никогда не будет стоить дешево, даже у частника. Но и обдирать вас никто не будет.

Для точной оценки нужно видеть объект и соседей... задача Ваша не из лёгких, так как опека в Москве редко пропускает сделки с зачислением на счёт, а найти покупателей на каждую комнату тоже задача не из легких..., наилучшим выходом и по финансам и по ситуации совместная продажа всей квартиры...
В целом максимально согласна с коллегами и по цене (плюс минус 200 тысяч-состояние, локация), и по алгаритму.
Выбор специалиста-это уже момент того что с человеком надо общаться... задача у вас сложная тут нужно наитий и грамотного специалиста и человека «по душе», общение предстоит длительное)))..

желание хорошее, но двушка будет только в новой москве, причем не ближе троицка, это однозначно. стоимость ваших комнат зависит от типа дома и элементарно от адреса, но в любом случае суммарно это будет однозначно не дороже 3.5 млн. сложность будет заключаться в том, что сделка будет альтернативная и в прохождении опеки. возможно, в последнем вопросе надо косвенно или даже впрямую задействовать риэлтора. по поводу риэлторов: обращаться только к частнику. или в крайнем случае в маленькое агентство "семейного" типа. крупные агентства вас разведут деньги по полной программе, а работать будут левой ногой (это в лучшем случае), а то и не будут вообще, а будут только имитировать.

Светлана, добрый вечер!
Даниил ответил Вам подробно и грамотно. Единственное, что хочу добавить к его ответу: возможно комнаты придётся продавать по одной, то есть разным покупателям. Мало найдётся желающих купить две комнаты в коммуналке, если за те же деньги можно приобрести однушку в МО или Новой Москве.
Советую нанять специалиста, потому что обмен реально сложный. Удачи!