А зачем Вы получали отказ от человека утратившего право на приватизацию?

Здесь не ясно, как удалось по частям проводить приватизацию в разный период времени на основании одного договор соцнайма. Может технический казус с лицевыми счетами? Ошибка паспортистки?

В данной ситуации придется переоформлять право собственности на комнату на кого-то и в судебном порядке выписывать Юлию мотивируя тем,что она ошибочно была включена в соцнайм.После того как она будет перепрописана к себе продавать комнату по-настоящему.

Согласно Федеральному закону от 29 декабря 2004 г. N 189-ФЗ ст. 19 "Действие положений части 4 статьи 31 Жилищного кодекса Российской Федерации не распространяется на бывших членов семьи собственника приватизированного жилого помещения при условии, что в момент приватизации данного жилого помещения указанные лица имели равные права пользования этим помещением с лицом, его приватизировавшим, если иное не установлено законом или договором."
Вы писали .." Она была включена в договор соцнайма.." То есть обладала равными правами пользования , с лицом приватизирующим.
Поэтому нельзя снять с рег учета.

P.S. уточните пожалуйста,где именно она прописана? в комнате №1 и в комнате№2, или в комнате№2, или в комнате №1. И сколько лицевых счетов? и сколько объектов недвижимости.

чтобы выписать отказавшегося от приватизации необходимо признать его утратившим право согласно ст 83 ЖК.РФ смотрите судебную практику.
В вашем случае это невозможно, т.к. Вы писали."..Юлия проживает в той же квартире в обеих комнатах..."
Пробуйте договориться .

Долга по Комнате Анны нет. Юлия имеет долг по своему лицевому счёту по Комнате-2. Вопрос не в этом. Вопрос, можно ли аннулировать её регистрацию в Комнате-1 и выселить оттуда?

Некрасиво, но все же... Если Юлия признает долг за собой т.к. проживала в этой комнате, то логично ей выкупить эту комнату. Если нет то Анна имеет все основания продать комнату и должна заплатить долг. Если не удастся договорится , то суд.

Анна не живёт в той квартире очень давно. Отношения между сёстрами были нормальные. Поэтому Анна разрешила сестре жить в обеих комнатах, тем более, что в детстве жили семьёй во всех этих комнатах. Ну а сейчас сложилась вот такая ситуация, что комнату надо продать, т.к. она не особо нужна, а Юлии совсем не хочется, чтобы коммуналка стала более населённой. Начинает чинить препятствия. Пока на словах.

Собственник- Анна, ей и отвечать за долги, никто и не спросит, кто их накопил. Что там суд решит- это одному Богу известно, какие нюансы могут вылезти. На поверхностный взгляд выписать должны, только хотелось бы понять, как Юлия из одной комнаты в другую перекочевала.