Альберт, почему поздно? Льготу все равно можно применить. Вот избегать налога - это, да, уже поздно, т.к. для этого оформлять по-другому надо было.
За сколько продали долю брату? Если 70% от кадастровой стоимости вашей доли не больше, чем сумма продажи и продали не больше, чем за миллион, то налога не будет . Если дороже миллиона продали, то налог будет 13% от суммы продажи, уменьшенной на льготный миллион.
Просто вычеты (льготы) носят заявительный характер, т.е. налоговая их без Вашего заявления не будет учитывать при расчете налога. А Вы декларацию в первом квартале этого года за 2018 год обязаны были подать, но не подали. В этой декларации и надо было заявлять о льготе.
Теперь надо сдать нормальную декларацию и уплатить налог, если он с учетом льготы возникает. Скорее всего придется еще оплатить штаф за не сданную вовремя декларацию.

Поздно уже что-либо делать. Ранней весной 2019-го, нужно было правильно заполнять 3-НДФЛ. Применять льготы, это право налогоплательщика, а не обязанность ИФНС.

Здравствуйте.
Вы получили долю в квартире по безвозмездной сделке, продав долю ранее трёх лет и получив доход, Вы обязаны заплатить НДФЛ 13%.
Все правильно. Налог платить нужно.

ps: Если бы подарили долю брату, то сейчас бы налога избежали.