В С-П отказ города не нужен. Сделка нотариальная, обратитесь к нотариусу, он разъяснит ваши дальнейшие действия

1. Получить отказ от первого покупателя МОЖНО и НУЖНО в день подписания с ним ДКП даже если второго покупателя еще не будет. Росреестру важно то, что отказ от сособственника, а первый покупатель, если второй будет сдавать документы на регистрацию позже первого, непременно уже будет собственником к тому времени, когда будет регистрироваться право второго покупателя.
2. Продавать вторую комнату без отказа первого покупателя не получится - получите приостановку регистрации по второй сделке, если у первого в это время документы будут хотя бы сданы на регистрацию.
3. Продавать второму покупателю, не дожидаясь регистрации первого можно, но только если у первого документы уже будут сданы на регистрацию.
4. ДКП надо заключать оба у одного нотариуса, если регистрация первого покупателя на момент заключения ДКП второго покупателя еще не будет готова.
5. Отказ города в Питере не нужен - он был сделан много лет тому назад один на всех.

"РАСПОРЯЖЕНИЕ

от 16 апреля 1999 года N 595-р

Об отказе от преимущественного права
покупки доли в праве общей собственности
(с изменениями на 23 марта 2001 года)"

Второй объект продавать можно. Потому что до перерегистрации права собственности вы являетесь собственником первого. Значит, и согласие вы даете сами себе.
Вопрос с тем, можно ли одновременно с проведением сделки получить отказ, лучше уточнить у нотариуса.

Что помешает нотариусу сделать такой отказ прямо на сделке, если два покупателя будут на ней одномоментно?

Сначала получите отказ от государства на муниципальную комнату, а уж потом все остальные действия.
".....нужно ждать, пока пройдёт регистрация собственности?.." - нужно ждать.
"..можно ли продавать второй объект, не дожидаясь окончательной регистрации первого?.." - нет. Поскольку вам необходимо отказ от преимущественной покупки от другого ( нового) сособственника.

Добрый день, вам нужно получить отказ города от преимущественного права покупки, поскольку 3-я комната неприватизированная с ваших слов и отказ от преимущественного права покупки нового собственника комнаты, естественно после регистрации перехода права на него.