Вы его сдавали в аренду ? Или вели в нем другой бизнес ?

Мария Александровна, лично я, глубоко убеждён, что у Вас нежилое помещение в собственности более минимального срока и не имея ИП, тем более уже три года, Вы освобождены от уплаты налога.
С таким заявлением могут многие не согласиться, в том числе Ваш налоговый инспектор, ссылаясь на то, что помещение было задействовано в предпринимательской деятельности, есть такое в законе, НО если Вы уже не являетесь предпринимателем и если даже сейчас сдаёте помещение, как физическое лицо и платите в бюджет государства 13% с дохода физ. лица, а не 6% или другой процент с УСН по ИП, то и при продаже имущества, должны руководствоваться всеми нормами предусмотренными для физических лиц, со всеми вычетами и льготами без исключения. На эту тему недавно дал комментарий, пройдите по ссылке, там есть ещё один совет для Вас. С уважением, Арман!