Оксана! Прописать разную стоимость долей в договоре вы можете, но в данном случае и при таком распределении это не спасет сестру от налога. Кроме того, решение этой задачи зависит еще от нюансов, связанных с покупателем.
Наймите грамотного специалиста для сопровождение продажи. Он подскажет вам, как оптимизировать налоги, и подстрахует от других рисков.

При продаже квартиры по одному договору необлагаемая налогом сумма (вычет) для сестры будет не 1 м.р., а всего лишь 333 т.р. (размер соответствующего вычета пропорционален размеру доли, т.е. 1/3 от 1 м.р.).
ст. 220 НК РФ, пункт 2, подпункт 3
3) при реализации имущества, находящегося в общей долевой либо общей совместной собственности, соответствующий размер имущественного налогового вычета распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле либо по договоренности между ними (в случае реализации имущества, находящегося в общей совместной собственности);

Добрый день, Оксана!
В случае если предметом договора купли-продажи является квартира, находящаяся в общей долевой собственности нескольких лиц, сумма имущественного налогового вычета, установленного подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 НК, распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их долям в праве собственности на указанную квартиру.

В случае, если предметом договора является продажа доли в праве собственности на квартиру как самостоятельного объекта купли-продажи, имущественный налоговый вычет предоставляется владельцу доли в сумме, не превышающей 1 000 000 рублей.

Сумма дохода, превышающая сумму примененного имущественного налогового вычета, подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13%.

почитайте Письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 4 сентября 2017 г. N 03-04-05/56544

Там ответ на Ваш вопрос

Оксана, у налоговой основания с воздуха не возникают, они возникают на основании предоставленных/полученных документов. У Вас продажа долевой собственности - нотариус обязателен, там же всё решите и распределите, всё будет хорошо )). С уважением, Арман!