При правильно организованной сделке, грамотно составленном договоре купли-продажи с учётом обременения в пользу продавца до полной оплаты квартиры и своевременным перечислением средств ПФР на основании заявления покупателя после регистрации права общей долевой собственности на всех членов семьи держателя сертификата МСК, проблем быть не должно. В противном случае можно не получить тех самых 5%

Подводные камни- правильно составленный договор и условия наделения всех членов семьи долями в покупаемой квартире.
Ну и вы должны понимать, что Деньги получите через 1.5 месяца с момента подачи держателем сертификата заявление в пфр : 30 дней на рассмотрение, 10 рабочих дней на перечисление

Здравствуйте. Распоряжение средствами материнского капитала контролируется ПФР. Обратитесь за разъяснениями в отделение ПФР по адресу регистрации покупателя. Договор купли-продажи тоже придётся согласовывать с ними.