Добрый день. Если стоимость 2-х комн. квартиры 3 м.р., то это точно не Москва, а значит для Вашей ситуации особенности ст. 217.1 Налогового кодекса неприменимы (срок владения начинается с момента возникновения права на квартиру, которая была изначально).
У Вас мена. Для целей налогообложения мена приравнивается к купле-продаже. Минимальные предельный срок для полного освобождения от налогообложения составляет 5 лет. У Вас меньше. Значит:
Вариант 1. Стандартный налоговый вычет 1 м.р.
Вариант 2. Расходы связанные с получением дохода. Мена возмездна. Посмотрите Ваш договор мены, там есть стоимость выраженная в цифрах или слова про равнозначность?

От (3000000 - 1000000 млн. рублей)х13 % =вашему налогу.

Здравствуйте. В отношении объектов недвижимости приобретенных налогоплательщиком, начиная с 1 января 2016 года, налогоплательщик будет освобожден от НДФЛ, если недвижимое имущество принадлежало ему на праве собственности 5 (пять) лет и более.
Трехлетний срок владения на праве собственности недвижимым имуществом, который в настоящее время в соответствии с п. 17.1 ст. 217 НК РФ освобождает гражданина от НДФЛ при его продаже, сохранён лишь для случаев, когда имущество было получено гражданином в порядке приватизации, по дарению, наследованию от близкого родственника или на основании договора ренты.
Если квартира была Вам предоставлена по программе реновации согласно ст. 217 НК РФ Доходы не подлежащие налогообложению. 41.1) доходы, полученные налогоплательщиком в связи с реализацией программы реновации жилищного фонда в городе Москве в соответствии с Законом Российской Федерации от 15 апреля 1993 года N 4802-1 "О статусе столицы Российской Федерации" (далее - программа реновации жилищного фонда в городе Москве) в денежной форме в виде равноценного возмещения либо в натуральной форме в виде жилого помещения или доли (долей) в нем, предоставленных в собственность взамен освобожденных жилого помещения или доли (долей) в нем. Налога не будет вовсе.

При продаже квартиры платится налог в размере 13% с суммы дохода, но при этом нужно учитывать срок владения недвижимостью. При нахождении в собственности более трех лет, а с 2016 года более пяти, от уплаты налога продавец освобождается. Но налоговую декларацию подавать необходимо.