Замир, недавно была ветка, где девушка привела судебное решение против конкретного предпринимателя, который ушёл от уплаты налогов скрываясь под ширмой физика, но фокус не прошёл и налоговая накинула НДС сверху за все проданные помещения. Но это не означает, что физические лица поголовно должны платить НДС 20%, это означает, что специалист сильно увлёкся отдельно взятым решением Верховного Суда и решил, что теперь все физ. лица должны заплатить НДС 20% с продажи своего имущества. Это не так, впрочем, дублирую ту ветку, где подробно привожу свой анализ по данному заблуждению.
Что касается Вашего вопроса, то ООО платит налог с продажи имущества согласно выбранной системе налогообложения, если ООО на шести процентном УСН-е, то налог 6% со всей выручки, в данном случае, стоимость по договору купли продажи будет считаться выручкой и по этой цифре нужно закрыть квартал, в котором денежные средства от продажи имущества поступили на Р\счёт ООО и перечислить налоги по кварталу - с продажи имущества в том числе. Если ООО работает по системе доходы минус расходы, тогда другая бухгалтерия, там очень много всяческих нюансов, от системы налогообложения на момент покупки, сдачи годовых отчётов в год покупки до системы налогообложения при продаже (за годы могли поменять налогооблагаемую базу и так далее). Одним словом - это сугубо бухгалтерский вопрос, есть повод поменять бухгалтера, если не имеет ответов на такие простые вопросы :))

Если сумма продажи превысит 150 млн, НДС будет начислен неизбежно. Упрощённая система налогообложения не поможет.