Даже если покупатель один, договоров должно быть два.
ДКП 1, отдельный участок, полная стоимость.
ДКП 2, участок и дом. Соотношение сумм такое, какое устроит покупателя. Если покупателя устраивает Ваша цена, то налога действительно не возникает при условиях:
1. Вы не использовали вычет в 1 млн, в 2018-м году
2. Вы являетесь налоговым резидентом РФ.

По ДКП 2, сдача налоговой декларации в 2019-ом, обязательна.

Если покупатель ТОЧНО будет объединять два участка в один, то один договор.

Предпочтительный вариант - один договор купли-продажи всех объектов. На налогообложение, последующее объединение участков или их продажу это никак отрицательно не повлияет, но исключит дополнительные траты на составление договора, аренду ячейки, и, самое главное, - исключит возможность приостановки регистрации по одному из участков при регистрации перехода права на другой.

Альберт, спорить не буду, т.к .землёй не занимаюсь. Но каждый раз когда смотрю документы застройщика, у которого несколько участков в собственности, они приобретают их по одному договору купли-продажи, в котором именуют их например "Участок №1", "Участок №2" и т.д. Даже, если остались какие-либо строения на участках.

Доброе утро! Договор один. Прописывать нужно правильно и грамотно, воспользуйтесь услугами профессионала и жить будет немного проще. УДАЧИ!