Добрый день. Раз квартира приобреталась в браке, то это совместная собственность и тут не важно на кого квартира оформлена. Вы не можете ей подарить то, что ей принадлежит по закону (1/2). Поскольку использовался МК, то должны быть все совершеннолетние. Соглашение можно заключить в простой письменной форме, без нотариуса. Но единственное, не уверен, можно ли одновременно с регистрацией своего права собственности подать и соглашение о распределении долей. Я так не делал, не было ситуации. В крайнем случае сделаете всё как обычно: зарегистрируете своё право, получите документы, заключите соглашение. Детям действительно лучше выделить самые минимальные доли насколько это возможно. Это вам пригодится на случай продажи квартиры, поскольку будут задействованы органы опеки пока дети-продавцы несовершеннолетние. Тогда не придётся прилагать много усилий, чтобы найти жильё подходящее по стоимости опеке.

Мне кажется, что если квартира приобретена по ДДУ и подписан акт приема-передачи, то именно он является основанием для оформления права собственности. Соответственно оформить право собственности можно на того, кто фигурирует в акте. Подписать (и зарегистрировать) доп соглашение к ДДУ на данном этапе невозможно уже.
Поэтому - регистрируете свое право собственности, после чего наделяете долями в соответствии с обязательством.

"По сути, я ей дарю часть квартиры. И её присутствие, по идее (мне так это представляется), не требуется." - Вы не можете ей подарить ТО, что и так ей принадлежит по закону.
Если нет брачного договора

Если Вы ДДУ заключали будучи в зарегистрированном браке, то квартира и так является совместной собственностью с супругой. Зачем что-то дополнительно переоформлять?? Или вы использовали маткапитал?